تحتفل الكنيسة سنويا بثلاثة مناسبات وهي:
ففي يوم 24 بشنس تحتفل الكنيسة بتذكار دخول الرب يسوع المسيح والعائلة المقدسة إلى أرض مصر، وذلك بتذكار إستراحة العائلة المقدسة في المغارة وإستخدامها لماء البئر في الشرب والغسيل والإستحمام ومباركتهم للمكان.
في يوم 8 بؤونة تحتفل الكنيسة بعيد تكريسها على يد البابا غبريال في سنة 901 ش الموافق 1185 م بعد أن جددها أولاد سلسيل
فى أول مسرى إلى 16 مسرى (7 إلى 21 أغسطس) وتكون الكنيسة في هذه الفترة وقت صوم السيدة العذراء وعيد صعود جسدها، في إحتفال مهيب، يحضره سنويا مئات الألوف من رجال ونساء وأطفال من كل أنحاء مصر يزورون الكنيسة ويصلون في المغارة ويوقدون الشموع ويشربون من ماء البئر المقدسة ويأخذون معهم من ماءها في زجاجات.
