شيدت كنيسة السيدة العذراء عام 1185م على الطراز البيزنطي ذي القباب ومبني بحوائط سميكة، ويتكون مبنى الكنيسة من صحن وثلاثة هياكل والمغارة والبئر.
الدور الأرضي من الكنيسة قديم وتم تجديده في القرن الثاني عشر الميلادى، أما الجزء العلوي تم بنائه في عهد البابا كيرلس الخامس في أواخر القرن التاسع عشر. وتم تجديد الكنيسة من الخارج فى الفترة ما بين 1984م حتى 1987م .
وفي سنة 2000م جددت الكنيسة بالكامل فى عهد المتنيح قداسة البابا شنودة الثالث بمناسبة الاحتفال بمرور 2000 سنة على ميلاد السيد المسيح ورحلة العائلة المقدسة إلى مصر.
يوجد بالكنيسة ثلاثة هياكل، الأوسط بإسم العذراء وله حامل أيقونات يرجع تاريخه لسنة 1500 للشهداء / 1784م كما هو مدون عليه ويعلوه أربع صور لأربعة ملائكة تتوسطهم صورة العذراء وهي تحمل الطفل يسوع، وأربع صور للإنجيليين الأربعة.
الهيكل القبلي بإسم الشهيد العظيم مارجرجس والبحري بإسم يوحنا المعمدان، وأمام كلاً منهما حامل أيقونات، يعلو الأول مجموعة من الصور تمثل رحلة الآلام والقيامة وخميس العهد إلى الصعود، ويعلو الثاني مجموعة من الصور للتلاميذ الإثنى عشر تتوسطهم صورة للرب يسوع المسيح وعلى يمينه السيدة العذراء وعلى يساره يوحنا الحبيب.
تضم الكنيسة العديد من الأيقونات الأثرية النادرة، منها: أيقونة دخول العائلة المقدسة مصر وترجع للقرن السادس عشر الميلادي، وأيقونة مرسوم في نصفها الأعلى رجم القديس إسطفانوس وفي نصفها الأسفل إستشهاد أشعياء النبي بنشر جسده بمنشار. كذلك أيقونة القديسة دميانة والأربعين شهيدة، وأيضا أيقونة للقديسة العذراء والأمير تادرس ومارمينا وأيقونة للقديس ابسخيرون القلينى واخرى للقديس الانبا بهنام واخته سارة. كما يوجد بها عدد من الأيقونات الأثرية المرسومة على الوجهين يتراوح تاريخهها ما بين 150 سنة إلى 350 سنة مثل أيقونات الانبا بشاى والانبا بيشوى والانبا شنودة وابو مقار
ويحيط بمبنى الكنيسة فنائين كبيرين حولهما العديد من مبانى الخدمات، افتتح اكبرهما منذ فترة قصيرة وهو يحتوى على العديد من فصول مدارس الأحد والحضانة والتنمية الاجتماعية والعديد من الانشطة الأخرى.
البئر المقدس
يقع البئر المقدس التي أنبعت ببركة الطفل يسوع، على يسار مدخل الكنيسة البحرى ويجاور المغارة التي استراحت فيها العائلة المقدسة.
ويقول التقليد أن هذه البئر يوجد بها حتى الأن المياه التي أنبعها الرب يسوع المسيح وإستحم فيها كطفل صغير وغسلت العذراء ملابسه من مائها المقدسة، وماء هذه البئر لا ينضب أبدًا. واحيانا تمتلىء عن آخرها بالمياه ثم يعود منسوب المياه إلى طبيعته، وهذا الماء وله طعم ومذاق مميز يختلف عن مياه ترعة الإسماعيلية التى لا تبعد أكثر من 60 مترا عن الكنيسة. ويعتبر هذا الماء سبب بركة وقد شفى الماء المقدس العديد من المرضى وكل من شرب منه بإيمان.
المغارة
تقع على يسار مدخل الكنيسة البحري، بجوار البئر. واستراحت فيها وإحتمت بها العائلة المقدسة أثناء رحلتها إلى مصر.
وتدل آثار المنطقة على أن المغارة كانت تقع في معبد أو أطلال معبد بني أيام رمسيس الثاني.
