بنيت كنيسة العذراء مريم في نفس المنطقة التي أقامت فيها العائلة المقدسة وكان بجوار الكنيسة مغطس على النظام الرومانى وانشئ بعد ذلك دير سمى دير المغطس وظل عامرا بالرهبان لنهاية القرن الثاني عشر
وتم ترميم الكنيسة في القرن الحادي عشر بأمر من الخليفة الفاطمي الحاكم بأمر الله، وفي القرن السادس عشر تهدمت الكنيسة، وظلت متهدمة حتى أمر محمد علي باشا بإعادة بنائها عام 1846 ميلادية مع الحفاظ على الطابع الأثري لها والحفاظ على الأجزاء الأثرية المتبقية منها.
وفي عام 1968 أعيد بناء صحن الكنيسة، وخلال عملية البناء تم العثور على رفات أجساد بعض القديسين منهم القديس البطريرك الأنبا ساويرس الانطاكي والقديس الأنبا زخارياس أسقف سخا في القرن السابع الميلادي إلى جانب رفاته.
وتعرضت الكنيسة لحادث حريق مؤسف في يوم 18 يونيو 2008 ؛ ترتب عليه الاحتراق الكامل لعدد من التحف الأثرية الموجودة بالكنيسة ؛ منها الحجاب الأثري للهيكل ؛وأيقونة نادرة للسيدة العذراء.
وتم تجديدها وفقًا للتراث المعماري القبطي بطرق هندسية وفنية في غاية الدقة والجمال، حيث تم استخدام طوب من نوع خاص أثناء البناء والتجديد، وإفتتحت في نهاية مايو عام 2014.
الحجاب « حامل الإيقونات» يوجد خلفه الجزء الأثري من الكنيسة وهو عبارة عن 3 هياكل: الهيكل الأوسط باسم السيدة العذراء مريم، يعود تاريخ بنائه إلى القرن الرابع الميلاد، ومازال موجودا حتى الآن، وتمت تعليته مرتين الأولى في القرن الحادي عشر والثانية في القرن التاسع عشر الميلادي.
