يوجد بعض المقتنيات الأثرية المهمة بكنيسة سخا أهمها حجر قدم المسيح الذي تبارك به كل من زاره وأحدث معجزات كثير في عصور مختلفة، ومنها أيضا تاج عمود وجد عند حفر أساسات أحد المنازل خلف الكنيسة التى تم انشاؤها حديثا فى عهد المتنيح قداسة البابا شنودة الثالث.
وكذلك ماجور كانت تقوم السيدة العذراء مريم بعجن الدقيق به ورحاية لطحن الحبوب والغلال عليها، كما يوجد بالكنيسة بعض الأيقونات التي رسمها الفنان انسطاس القدسي عام 1884 م تقريبا،
وأيضا يوجد شمعدان أهداه اسماعيل باشا والى مصر للكنيسة عام 1862 م، ويوجد أيضا كرسى الانبا زخارياس أسقف سخا عام 725م بالإضافة إلى مجموعة نادرة من المخطوطات والأناجيل مخطوطة بخط اليد.
كما يوجد بالكنيسة كأس مخصصة للتناول وصينية وشمعدان مصنوعين من الفضة ؛ وعدد من المقتنيات الأثرية النادرة التي ترجع إلي القرن التاسع عشر .
ومدينة سخا مشهورة بعمود، وقف عليه القديس أغاثون العمودى لمدة خمسين سنة فى القرن السابع الميلادى.
