من كتابات المؤرخين أن كنيسة دير الجرنوس سميت على مر العصور بثلاثة أسماء:
كنيسة “باي إيسوس” وذلك أول اسم عرفت به بعد زيارة السيد المسيح له المجد لموضعها. وذكر ذلك الأنبا قرياقوص أسقف البهنسا في الميمر الذي وضعه في القرن السابع الميلادي عن العائلة المقدسة ومكثت بها اربعة أيام.
الإسم الثاني “كنيسة أرجينوس” ذكرها المؤرخون القدامى في مؤلفاتهم بهذا الاسم، وهي كلمة فرنسية معناها “الاستخبار و الاستعلام، وذلك نسبة للبئر الموجود بها للاستعلام منه عن مقياس النيل.
أما الاسم الثالث فهو كنيسة “السيدة العذراء دير الجرنوس” وهو اسم الكنيسة الحالية المبنية على أطلال الكنيسة القديمة والمكرسة بذلك الاسم، ويرجع تاريخها بهذا الاسم إلى العصر العربي حوالي 300 سنة.
كما ذكرها المؤرخ محمد رمزي في القاموس الجغرافي للبلاد المصرية القديمة باسم “ناحية الجرنوس”.
