ظلت الأشمونين مقراً لكرسي أسقفي لحوالي 1300 عام من منتصف القرن الثالث الميلادي حتى منتصف القرن السادس عشر الميلادي وبهذا يعتبر كرسي مدينة الأشمونين من أقدم الكراسي الأسقفية بصعيد مصر.
ومازال بها أثار كنيسة كبيرة على الطراز البازيليكي في المنطقة التي تعرف باسم “كوم الكنيسة” وقد ظلت هذه الكنيسة قائمة لمدة حوالي ستة قرون منذ إنشائها في القرن الخامس الميلادي إلى أن دمرت في أوائل القرن الحادي عشر الميلادي.
وأفادت بعض البعثات الأثرية أن الكنيسة كان بها 48 عمود من الجرانيت الوردي، بارتفاع حوالي ستة أمتار، وقواعد الأعمدة وتيجانها كانت من الحجر الجيري.
ويذكر ابو المكارم أن كنيسة السيدة العذراء فى الأشمونين تحتوى على عدة مذابح وأعمدة من الرخام ومذبح واحد يستخدم فقط طول الوقت للقداس الإلهى وذلك لأن فوقه أثر يد السيد المسيح.
وقد أجريت عمليات الحفر الأثري فى مدينة الاشمونين مرتين الأولى بواسطة بعثة من جامعة إكسفورد والثانية قام بها الأثرى الألمانى (بيتر جروسمان) فى عام 1989 ووجد أنها تحتوى على عدة مبانى وبها آثار متبقية من كل العصور ومنطقة الأشمونين لها تاريخ مقدس فقد ارتوت أرضها بدماء الشهداء فى عصر الاستشهاد.
