كان لموقع كنيسة السيدة العذراء الكائنة في البرية نصيب في جذب البعض إلى السكنى والتعبد بجوارها لما لها من البساطة وتواضع الحال وامتياز فريد حيث إنها كانت مأوى آمناً وملجأ مريحاً للعائلة المقدسة التي عاشت فيها مغتربة عن الأهل، في صورة فقيرة متواضعة، فأصبح المكان مبروكاً بهم.
فكان لسان حال الذين أتوا للتعبد والانفراد حول الكنيسة أن كل من يأتي حباً في حياة البتولية متغرباً عن العالم ويعيش في فقر واتضاع كما عاشت العائلة المقدسة، سيُمنح البركة التي باركها رب المجد لهذا المكان وينال إكليل الحياة الأبدية في ملكوت السماوات.
وقيل إن بعضا من أولئك النساك الأولين كان لهم علاقة طيبة بالقديس العظيم الأنبا أنطونيوس. وبعد نياحة الأنبا باخوميوس أب الشركة انتشرت الأديرة الباخومية على يد تلاميذه (مثل تادرس وأورزسيوس..) في كل أنحاء مصر. كما أتبعت كثير من الجماعات الرهبانية الأخرى قوانين الأنبا باخوميوس دون الانضمام إلى أديرة الشركة الباخومية وبنى البعض الأخر الأديرة واستقى من النظام الباخومي نظاماً خاصاً له.
وقد دلت الدراسة على أن بعضاَ من تلاميذ الأنبا باخوميوس أو على الأقل جماعة من رهبان الشركة الباخومية جاءوا إلى قسقام في النصف الأخير من القرن الرابع واشتركوا مع القاطنين حول الكنيسة في تأسيس الدير وإن كان غير معروف وقت مجيئهم بالتحديد، إلا أنه حدث بعد نياحة الأنبا باخوميوس أب الشركة (346 م).
[لأنه قد أجمع الدارسون في حياة الشركة الباخومية أن الأنبا باخوميوس أب الشركة لم ينشئ إلا تسعة أديرة للرهبان وديرين للراهبات محصورة بين أخميم شمالاً وإسنا جنوباً] ، وقد كانت حياة الشركة تشبه جماعة الكنيسة الأولى حيث كان كل شئ مشتركاً بينهم (أع 2: 44) وأساس حياتهم الجسدية كان مركزّاً على الفقر والمسكنة وعدم امتلاك ممتلكات والهروب من محبة القِنْيَة. أما مركز حياة الراهب الروحية فكان هو الكتاب المقدس وسر الإفخارستيا والصلاة الدائمة.
ويبدو أن الأسلوب التطبيقي للقوانين الباخومية في دير قسقام كان له الطابع الخاص لما اشتهر به الدير بانفتاحه على الزوار والملتجئين طلباً في الشفاء من مياه البئر التي باركها السيد المسيح، ولطلب دعاء وشفاعة والدة الإله العذراء القديسة مريم.
وذُكر أن الملك زينون فى أواخر القرن الخامس حوالى 481م نزل فى قسقام، بناء على رغبة ابنته إيلارية التى ترهبنت فى وادى النطرون باسم الراهب إيلارى، وأمر الملك زينون ببناء الحصون فى جميع الأديرة المصرية ومنها دير المحرق.