تجلت العذراء مريم بصورة نورانية وما زالت تظهر بين الحين والآخر فى هذا الدير المبارك، والذى يجد فيه الناس الهدوء والراحة والسلام والمسرة.
وأكدت العذراء مريم على أهمية هذا الدير وباركته بأن ظهرت فيه وتجلت بصورة نورانية. ويذكر أنه عندما كانت تسير سيدة مسلمة محجبة بالقرب من الكنيسة، رأت العذراء تقف فوق سطح الكنيسة، تتمشي بين المنارتين، فتصورت أنها سيدة تحاول الانتحار أو تحاول خلع الصليب المثبت فوق المنارة، فأسرعت لإبلاغ المسئولين فوراً.
وفى يوم 17 أغسطس 2000، أثناء صوم السيدة العذراء كانت بداية ظهورها حيث سطعت أنوارًا مبهرة بكنيسة مارمرقس بأسيوط (المطرانية القديمة) والتى تبعد بضع كيلومترات عن المغارة الموجودة بجبل اسيوط (دير درنكة) وهذه الأنوار تسطع احيانا على المنارات وعلى الصلبان الموجودة أعلاها ومرات تغطى الكنيسة بأكملها وأحيانا أخرى تضئ الشوارع المحيطة بالكنيسة بأنوار مبهرة لايعرف مصدرها، وفى ليالى عديدة تظل تسطع على فترات متقاربة طول الليل وحتى مطلع الفجر. وتظهر حمامة كبيرة منيرة داخل سحابة مضيئة أعلى منطقة الكنيسة وتستمر لعدة دقائق كذلك تظهر أسراب من الحمام المضئ كبير الحجم. وسط تهليل وتراتيل وصلوات الآلاف من الناس الذين يتوافدون على الكنيسة من جميع أنحاء مصر والعالم.
وقد نشرت جريدة وطنى يوم الأحد 22 اكتوبر 2000م الموافق 12 بابه 1717 ش السنة 42- العدد 2026 حيث ذكرت: أنه صاحب ظهور السيدة العذراء كثير من الظواهر العجيبة كأنوار بيضاء كالثلج فوق القباب وبين المنارات، مع بخور كثيف ذى رائحة جميلة، وإنطلاق أشكال روحانية كالحمام شديد السرعة.
ويؤكد المتنيح قداسة البابا شنودة الثالث فى عظته يوم الاربعاء 22 نوفمبر عام2000م ان هذا الظهور المعجزى على هذا النحو بكنيسة القديس مرقس الرسول بأسيوط يؤيد الرأى القائل بأن العائلة المقدسة وهى فى طريق رجوعها مرت على المغارة الكائنة بجبل اسيوط (دير درنكة ) القريبة من هذا المكان وباركتها وباركت هذا المكان.
