بنيت كنيسة في عام 1990م في المكان الذي مرت منه العائلة المقدسة وقد اهتم مثلث الرحمات قداسة البابا المعظم الأنبا شنودة الثالث بهذه الكنيسة وقام بزيارته التاريخية إلى مدينة رفح المصرية لتدشين هذه الكنيسة في صباح يوم الأحد 25 – 06 – 1995م. وقد دشن المذبح الرئيسي باسم الشهيد العظيم مارجرجس إذ أن الكنيسة قريبة من فلسطين وهى موطن الشهيد العظيم مارجرجس والمذبح الأخر دشن باسم العائلة المقدسة وقد أضيف مذبح ثالث باسم القديس العظيم الأنبا انطونيوس في عهد نيافة الأنبا قزمان أسقف سيناء الشمالية.
واهتم نيافة الأنبا قزمان بتجميل هذه الكنيسة فأضيف للكنيسة حامل الأيقونات والذي زين بالأشكال القبطية والصلبان وتم رسم أيقونات مختلفة للقديسين وكذلك تم رسم أيقونة المذبح الرئيسي كما ورد في سفر الرؤيا.
كما أضيف في عهد نيافته رفات القديسين الشهيد مارجرجرس السكندري والقديس الأنبا تكلا هيمانوت والقديسة بربارة وشهداء بيت لحم وشهداء أخميم والشهيد أبو فام الجندي وشهداء الفيوم وشهداء أولاد الأنبا توماس.
وأضيف للكنيسة مكتبة استعارية وكذلك مركز للكمبيوتر، والكنيسة تتبع الأن كرسي سيناء الشمالية تحت رعاية قداسة البابا المعظم الأنبا تاوضروس الثانى وشريكة في الخدمة الرسولية نيافة الحبر الجليل الأنبا قزمان، وقد خدم الكنيسة الكثير من الرهبان واستقر الرأي على رسامة كاهن لها هو القس يوسف صبحي زكى كأول كاهن لكنيسة رفح وتحتفل الكنيسة في كل عام في أول شهر يونيو بعيد دخول السيد المسيح وأمه السيدة العذراء إلى أرض مصر. وكان يقام بها صلاة العشية والقداس الإلهي احتفالا بهذه المناسبة وتستقبل الكنيسة زائريها لأخذ بركة هذا المكان المقدس طول السنة.
