هذه الكنيسة لها تاريخ عريق وتعرف بأكثر من اسم، كنيسة العذراء بحارة زويلة أو كنيسة العذراء حالة الحديد، بناها الحكيم زيلون في القرن الرابع الميلادي سنة 352م في منطقة ضمن المحطات التي زارتها العائلة المقدسة.
سميت الكنيسة بحالة الحديد لأنها تميزت بالمعجزة التي قامت بها العذراء مريم، فبفضل صلاتها تحول الحديد بالسجن، المسجون فيه المسيحيين المضطهدين ومعهم متياس الرسول، إلى سائل.
وإسم حارة زويلة جاء لوجودها بحارة زويلة ويرجع الإسم إلى قبيلة مغربية “زويلة” استعان بها جوهر الصقلي أثناء تأسيسه لمدينة القاهرة وبعد زوال الدولة الفاطمية وبقدوم الدولة الأيوبية رجعت قبيلة زويلة لموطنها الأصلي في المغرب وبقيت هذه المنطقة بنفس الإسم.
الكنيسة بها مجموعة من الكنائس والأديرة أولهم باسم العذراء حالة الحديد وكنيسة القديس مرقوريوس أبو سيفين التي بناها المعلم إبراهيم الجوهري من القرن ال18 ويعلوها دير العذراء مريم للراهبات (دير عامر) من القرن ال14 وكنيسة القديس مارجرجس من القرن ال12 ودير راهبات القديس مارجرجس (دير عامر) من القرن 13
وأختيرت هذه الكنيسة لتكون مقر للكرسي البطريركي لمدة 360 عام، ل23 بطريرك متتاليين من سنة 1300 إلى 1660م وهي أكبر مدة جلس فيها الكرسي البطريركي في مكان بعد نقله من الإسكندرية. ويوجد بالكنيسة مزار خاص بمقتنيات الآباء البطاركة يضم مجموعة من الرفات والمخطوطات والأواني وأدوات المذبح التي كانت تستخدم في هذه الحقبة.
تصميم الكنيسة على شكل فلك أو سفينة يعلوها جمالون خشبي، وفي نفس الوقت شكلها على هيئة صليب. والكنيسة مبنية على الطراز البازيليكي في وسطها صحن الكنيسة والأعمدة تقسم المساحة إلى ثلاثة أقسام – الصحن الأوسط وممر أيمن وممر أيسر.
بها تحف وكنوز وأيقونات فريدة، فحجاب الهيكل المصنوع من الخشب العزيزي من القرن 14 ومطعم بالعاج وعليه نقوش قبطية.
أما التحف الرخامية مثل الانبل الرخامي مرفوع على أربعة أعمدة رمز الأربعة بشائر والأناجيل الأربعة.
وفي صحن الكنيسة 12 عمود وكل الأعمدة بيضاء يعلوها تاج عمود، وفي أخر الكنيسة من الناحية القبلية الغربية يوجد عمود داكن اللون وخشن الملمس وهو يرمز ليهوذا الاسخريوطي.
تيجان الأعمدة تمثل الحضارة المصرية والتاريخ المصري كله، حيث توجد تيجان من عصر المصري القديم والعصر الإغريقي ومن العصر الروماني والعصر القبطي وتيجان من العصر الإسلامي، وسبب تنوع تيجان الأعمدة أن الكنيسة تعرضت للهدم والتخريب عدة مرات ولكن لعلو شأنها عند الأقباط كانت سرعان ما ترمم، ولأن الكنيسة عمرها أكثر من 1600 سنة تنوعت العصور والحضارات عليها.
ويقال أن صلاح الدين الأيوبي بعد مساعدة الأقباط له في معركة بيت المقدس والتأكد من وطنيتهم، كافأهم بترميم كنائس مثل الكنيسة المعلقة وكنيسة حارة زويلة وكانت تيجان الأعمدة موجودة في مخازن فتم تظبيطها بطريقة عشوائية فتنوعت التيجان.
التحف الموجودة في هذه الكنيسة، منها أيقونات نادرة ك “الأيقونة العجائبية” موجودة داخل المقصورة التي استراحت بها العائلة المقدسة. كذلك أيقونة الصلبوت وتوجد بعد الخورس الأول بالكنيسة، ومن أشهر الأيقونات وأقدمهم بالكنيسة، أيقونة الأعياد السيدية السبعة الكبرى، من القرن 12 عام 1186م وتسمى باللوح الذهبي وتثبت أنه كان يوجد فنانين أقباط موجودين في ذلك الوقت ورسمها فنان مصري من قرية مليج بالمنوفية.