الحصن يوجد على يمين الباب البحري، ويتم الوصول إليه من سطح المدخل الشمالي لكنيسة العذراء الأثرية بقنطرة. وكان يسمى قديماً (القصر القديم) وهو يرجع للقرن السابع الميلادى. يتكون هذا الحصن من ثلاثة أدوار: فالطابق الأرضي منه خصص كمخازن للطعام وبه بئر ماء، والطابق الثاني والذي هو يمثل موضع المدخل الرئيسي للحصن، يحوي حجرات مخصصة كقلالي الرهبان.
أما عن الطابق الثالث فهو يحتوي على الكنيسة الرئيسية بهذا الحصن وهي كنيسة الملاك ميخائيل وبجانبها حجرة بها مخبأ خاص لمقدسات الدير.
ويرى عالم المصريات إيفلين وايت أن الحصن حالياً من الناحية المعمارية يعتبر أقدم الحصون القائمة في وادي النطرون.
تم ترميم الحصن على نفقة المعلم إبراهيم الجوهري سنة 1773م وترميم ثاني حديثاً عام 1996م.
