تقدر مساحة الدير الأثري بنحو فدانين وطوله من الشرق إلى الغرب (100 – 107متر) وعرضه من الشمال إلى الجنوب (83 – 90متر)، وكان حتى القرن الثامن عشر أقل من ذلك قبل أن يضيف عليه المعلم إبراهيم الجوهري مساحة 24 متراً بطول الدير ويحاط بسور خارجي يتخلله مداخل الدير.
يتراوح ارتفاع سور الدير من 10 – 13 متراً وسُمك الحائط حوالي متر ونصف أو أكثر، وهو مطلي كله بالجبس الجبلي.
وأعلى السور يوجد فتحات يطل منها الرهبان على القادمين إلى الدير، ويرجع تاريخ بناؤه للقرن التاسع الميلادي في عهد البابا شنودة الأول (859 – 880م)
أما عن أبواب الدير الأثري، يعتبر الباب البحري هو المدخل الرئيسي للدير، ويوجد أيضا الباب الشرقي الذي كان غير مستخدم لفترة طويلة حتى عام 1975م
وفي عام 1983م قام الدير ببناء قلالي جديدة في الجهة القبلية خارج السور القديم وبالتالي فتح الدير باباً ثالثاً في الناحية القبلية ليستخدمه الرهبان للدخول إلى الدير مباشرة.
