يوجد في دير القديس الأنبا بيشوي احدى عشر كنيسة:
1- كنيسة الأنبا بيشوي الأثرية:
انشئت كنيسة الأنبا بيشوي الأثرية في القرن الرابع الميلادي، وتحتوي على ثلاثة هياكل.
الهيكل الأساسي على اسم القديس الأنبا بيشوي، ويرجع تاريخ باب هذا الهيكل إلى القرن العاشر وهو يعتبر من الفن الفاطمي.
والهيكل البحري على إسم السيدة العذراء والهيكل القبلي على إسم القديس يوحنا الحبيب. وهو يضم بعض الرسومات الأثرية على الحائط الشرقي.
ويوجد في الناحية البحرية أمام الكنيسة الصندوق الخشبي الذي يضم جسد القديس الأنبا بيشوي، ورفات (عظام) القديس الأنبا بولا الطموهي.
أما من الناحية القبلية خلف الكنيسة يوجد مزار البابا بنيامين الثاني.
كما يوجد داخل الكنيسة ما يعرف بالإنبل (المنبر) الذي يرجع تاريخه إلى القرن السادس، وكان يصعد عليه الأب الروحي لكي يعظ تلاميذه والشعب ويعلمهم قواعد الإيمان المسيحي. وهو مصنوع من الخشب ومربع الشكل مساحته 2×2 متر مربع وترتفع أرضيته حوالي متر ونصف عن منسوب أرضية الكنيسة. وهو مثبت على عمود خشبي ويستند على الحائط الذي يفصل بين الخورس الأول والخورس الثاني.
وتحتوي الكنيسة أيضا على أيقونة للسيدة العذراء، يرجع تاريخها إلى القرن الرابع عشر، وأيقونة للشهيد مارجرجس يرجع تاريخها إلى القرن الخامس عشر.
كما يوجد داخل الكنيسة باب خشبي طوله حوالي سبعة أمتار ويرجع تاريخه إلى القرن الحادي عشر وهذا الباب يقع في الثلث الأمامي من الكنيسة.
2- كنيسة الشهيد أبسخيرون القليني:
تقع الكنيسة داخل كنيسة الأنبا بيشوي من الناحية القبلية، وتحتوي على مذبح واحد يرجع تاريخه إلى القرن الرابع الميلادي. كان هذا المذبح ضمن مذابح كنيسة الأنبا بيشوي الأثرية وانفصل عنها في القرن الرابع عشر. وتحتوي هذه الكنيسة على رفات الشهيد أبسخيرون القليني الذي استشهد في القرن الرابع في عهد دقلديانوس.
وقد استحضر البابا بنيامين الثاني رفات الشهيد أبسخيرون في القرن الرابع عشر من دير الأنبا صموئيل، لأن دير الأنبا صموئيل في ذلك الوقت كان معزول عن المعمار وكان يتعرض لهجمات قطاع الطرق واللصوص.
وهذه الكنيسة بها هيكل واحد باسم الشهيد أبسخيرون القليني وحجاب هذا الهيكل أثري يرجع تاريخه إلى القرن الحادي عشر.
3- كنيسة السيدة العذراء والبابا بنيامين الأول:
تقع الكنيسة داخل كنيسة الأنبا بيشوي الأثرية من الناحية البحرية. وبها مذبح يرجع تاريخه إلى القرن الرابع. وقد كانت هذا الكنيسة جزء من كنيسة الأنبا بيشوي وانفصلت عنها في القرن الرابع عشر. بها بقايا فريسكا (رسومات جدارية) في الناحية الشرقية يرجع تاريخها إلى القرن الحادي عشر، أما حجاب الهيكل فيرجع تاريخه إلى القرن الثامن عشر (1489ش)
4- كنيسة مارجرجس:
هي ملاصقة لكنيسة أنبا بيشوي الأثرية من الجانب الغربي القبلي، ويرجع تاريخها إلى القرن السادس، ويوجد بها مذبحين أحدهما على إسم الشهيد مارجرجس والأخر على إسم العذراء مريم. ويوجد بالكنيسة رفات من جسد مارجرجس الروماني.
5- كنيسة السيدة العذراء مريم بالحصن:
يرجع تاريخها إلى منتصف القرن الخامس وتقع في الطابق الثاني من الحصن وتمثل ثلثي مساحة الطابق من الشرق وبها ثلاثة هياكل، الهيكل الرئيسي باسم السيدة العذراء مريم والهيكل البحري باسم الأنبا رويس والأنبا أبرام (أسقف الفيوم والجيزة) والهيكل القبلي باسم الثلاثة مقارات والأنبا صموئيل المعترف.
يوجد في الهيكل البحري على جزء بارز في الحائط البحري لهذا الهيكل كتابة مكتوبة باللون الأسود كتبها أحد الرهبان بمناسبة زيارة مار أغناطيوس بطريرك أنطاكية (السريان) يوم السبت 6 أمشير سنة 1089ش الموافق 1473م
6- كنيسة الملاك ميخائيل:
يرجع تاريخها إلى منتصف القرن الخامس الميلادي، وتقع في الطابق الثالث من الحصن. واعتادت الأديرة أن تسمي كنائس الطابق الثالث من الحصون باسم الملاك ميخائيل. باعتباره الملاك الحارس. وهناك تقليد قديم يقول أن الملاك ميخائيل هو الملاك الحارس للرهبان.
وهذه الكنيسة لها حجاب جميل من القرن التاسع واهتم بترميمها المعلم إبراهيم الجوهري سنة 1792م ثم رممها البابا يؤانس التاسع سنة 1935م