تبلغ مساحة دير الأنبا بيشوي الأثري حوالي 2 فدان و16 قراط، ويعتبر الأمير طوسون أول شخص يحدد مساحة الدير الأثري ويضع أطوال لما يحتويه من مباني أثرية مثل الحصن والطاحونة والأسوار التي تحيط بالدير، وذلك عندما زار الدير سنة 1935م وقد ترك كتاباً يشرح معالم الدير بالتفصيل.
قام القديس الأنبا بيشوي بتأسيس هذا الدير المعروف باسمه في صحراء وادي النطرون في القرن الرابع وبالتحديد بعد سنة 374م
ترهب القديس الأنبا بيشوي في سنة 340م ، وكان يبلغ من العمر عشرين سنة، وسكن في صحراء وادي النطرون وبالتحديد في منطقة تل أبو حنس والتي تبعد ثلاثة كيلومترات جنوب شرق دير الأنبا بيشوي الحالي، وتتلمذ تحت يد القديس الأنبا بموا وظل تلميذاً لهذا القديس مدة أربعة وثلاثون سنة، كان فيها مثال الطاعة والزهد والقداسة. وكان القديس يحنس القصير زميله في الرهبنة وكانا يسكنا معاً في منطقة تل أبو حنس بجوار معلمهما القديس أنبا بموا.
تنيح الأنبا بموا سنة 374م وظهر الملاك للقديس الأنبا يحنس والقديس الأنبا بيشوي وأشار على القديس الأنبا يحنس بأن يسكن بجوار شجرة الطاعة، وأشار على القديس الأنبا بيشوي بأن يسكن على بعد ميلين من منطقة تل أبو حنس من جهة الغرب. وبالفعل جاء القديس الأنبا بيشوي إلى مكان الذي حدده له الملاك وسكن في المغارة الموجودة حالياً في دير السيدة العذراء السريان، وزاع صيته في كل الأرض.
التفت جماعة كبيرة من الأشخاص حوله وأصبحوا تلاميذاً له. وتجمعوا وبنوا الكنيسة المعروفة حتى الأن بكنيسة الأنبا بيشوي الأثرية. وحفروا بئر أمام الكنيسة المعروف الأن ببئر الشهداء وبنوا طاحونة لطحن الغلال والحبوب.
وهذه هي بداية دير الأنبا بيشوي واستمرت الأمور تسير في هدوء وسلام إلى أن هجم البربر على الدير في سنة 407م فقام الأنبا بيشوي وأخذ تلاميذه وترك الإسقيط وذهب إلى أنصنا (ملوي بمحافظة المنيا) حيث أنشأ دير أخر باسمه وهو موجود حتى وقتنا هذا في قرية دير البرشا. وبعد عشر سنوات وفي سنة 417م تنيح القديس الأنبا بيشوي في أنصنا حيث دفن بإكرام جزيل.
في سنة 840م تمكن أحمد بن طولون من القضاء على البربر ولم يكن الدير له أسوار، فتجمع الرهبان وبنوا سوراً للدير، واستغرق بناءه ثلاثة سنوات وهو موجود حتى الأن. وبعد اكتمال أعمال بناء السور، تقدم الرهبان بطلب إلى البابا يوساب الأول البطريرك الحادي والخمسون ليحضروا أبيهم الأنبا بيشوي من أنصنا بعدما مكث هناك أكثر من 400 سنة، وتم استحضار الجسد في سنة 843م واستمرت الأمور تسير في هدوء حتى القرن الثالث عشر حيث هجم النمل الأبيض على الدير ودمر سقف الكنيسة الأثرية الذي كان مصنوعاً من الخشب في ذلك الوقت. ودمر كل الأجزاء الخشبية بالدير إلى أن جاء البابا بنيامين الثاني في القرن الرابع عشر وأزال كل آثار الدمار الناتجة عن النمل الأبيض وبنى سقفاً جديداً للكنيسة من حجر الصوان. لذلك فإننا نجد أن الكنيسة يرجع تاريخها إلى القرن الرابع الميلادي بينما سقفها يرجع تاريخه إلى القرن الرابع عشر الميلادي. واستمر الحال يسير في هدوء ولكن التقدم الرهباني والمعماري بالدير كان بطيئاً جداً إلى أن جاء المتنيح قداسة البابا شنودة الثالث في نوفمبر 1971م وقام بنهضة رهبانية ومعمارية كبيرة جداً، فأنشأ الكثير من الكنائس ومباني الخدمات بالدير وأنشأ المقر البابوي ولما جلس قداسة البابا تواضروس الثاني على كرسي القديس مارمرقس في نوفمبر عام 2012م قام بعمل نهضة معمارية وثقافية ورهبانية، فقام بإنشاء مركز لوجوس البابوي، وعقد الكثير من المؤتمرات الثقافية وشجع الآباء الرهبان على البحث والدراسة وإتقان اللغات المختلفة.
