مر بدير القديس الأنبا بيشوي ظروف صعبة، وكتب عنها المتنيح قداسة البابا شنودة الثالث في مجلة الكرازة الصادرة في 17/ 11 /1978م عن دير الأنبا بيشوي.
إذ يقول قداسته: كان هذا الدير على وشك الضياع من كل ناحية، ففي عام 1961م أعلن رئيس الدير السابق المتنيح الأنبا باسيليوس عجزه التام عن إدارته والإنفاق عليه، وشكى الرهبان إلى المتنيح قداسة البابا كيرلس السادس أنهم لا يجدون القوت الضروري. وقام قداسة البابا كيرلس السادس بتعيين المتنيح الأنبا ثاؤفيلوس رئيس دير السريان مشرفاً على لدير للصرف والإنفاق عليه، وتسديد ديونه لأن الدير كان مديوناً في ذاك الوقت. ولكن التعمير الرهباني والعمراني بقيا منتظرين معونة من فوق.
وعندما استلم قداسة البابا شنودة الثالث هذا الدير، لم يكن يوجد فيه سوى عشرة رهبان، أربعة رهبان متواجدين داخل الدير والستة الأخرين كانوا يخدمون خارج الدير. فقام بتعيين الأنبا صرابامون الأسقف العام ليكون أسقفاً عليه.
وبدأت النهضة المعمارية والرهبانية تتزايد، حتى أصبح الدير الأن يضم حوالي مئتان راهب ويوجد حوالي خمسة وعشرون راهباً من هؤلاء المئتين يعيشون في طقس الوحدة، بعضهم اختار حياة التوحد في قلاية بداخل الدير، فلا يخرج منها إلا عند الضرورة. بما يعرف بالراهب الحبيس مثل الراهب القمص يسطس الأنبا بيشوي والراهب القمص بفنوتيوس الأنبا بيشوي، وبعضهم يعيش في مغارات وقلالي منفردة خارج سور الدير.
