كنيسة العذراء الأثرية
تعد كنيسة السيدة العذراء بدير البراموس أقدم كنيسة من نوعها في أديرة وادي النطرون وقد بنيت على الطراز القبطي، وتقع جنوب الحصن ومدخله يطل عليها.
تبلغ مساحتها 1200 مترأ مربع.
وللكنيسة بابان أحدهما من الناحية القبلية والأخر من الناحية البحرية، وقد كتب أعلى الباب البحري جملة بالقبطي وتعني “يسوع المسيح ابن الله” وفوقها حلية بسيطة.
وبالكنيسة ثلاث هياكل: الأوسط باسم السيدة العذراء وأمامه باب خشبي كبير مصنوع من خشب الجميز وطوله حوالي 6 متر وعرضه نحو مترين وله أربع ضلف متماسكة بمفصلات حديدية. هذا الباب يرجع للعصر الفاطمي وهو مطعم بحشوات جميلة الصنع.
وتم في وقت غير محدد تثبيت الباب بمسامير وفتح باب صغير في وسطه لا يسع إلا شخص واحد فقط.
الهيكل القبلي باسم مكسيموس ودوماديوس والبحري باسم الأنبا موسى الأسود والأنبا إيسيذورس.
وينقسم صحن الكنيسة إلى ثلاثة خوارس، الأول به في الناحية الشمالية منه مقصورة من الخشب المطعم مهداه من المتنيح الأنبا بنيامين مطران المنوفية سنة 1957م.، وبها أنبوبتان الأولى بها رفات الأنبا موسى والثانية بها رفات معلمه الأنبا إيسيذورس. أما الخورس الثاني يوجد به الانبل القديم (المنبر) وله مدخل بسلالم يدخل إليه من الخورس الأول، وهو يعلو عن الأرض نحو مترين، ومرتكز على عمود من الخشب. والخورس الثالث يوجد في وسطه حوض من الرخام عرضه نحو 60 سم وطوله 90 سم وفى وسطه تجويف دائري وكان يستخدم في صلاة اللقان.
في الناحية الغربية القبلية يوجد عمود القديس أرسانيوس وبه تاج بديع الصنع من الطراز الكورنثي المبكر، ويعتقد أنه أقدم الأجزاء المعمارية في الكنيسة.
وفي الركن البحري الغربي توجد غرفة المعمودية القديمة، كما يوجد بغرب الكنيسة ممر يؤدي إلى المائدة الأثرية.
ونجد بجانب الباب البحري من الناحية الشرقية كنيسة الأمير تادرس، وكذلك توجد كنيسة مارجرجس في الناحية الشمالية الغربية من الكنيسة، بجانب المعمودية القديمة.
وقد رممت هذه الكنيسة عبر الأجيال، أما آخر ترميم طال الكنيسة الأثرية كان سنة 1988م
كنيسة الأمير تادرس
تقع كنيسة الأمير تادرس داخل الكنيسة الأثرية من الجانب البحري، ومدخلها في الحائط الشمالي الغربي من الكنيسة بالخورس الثاني منها. ومساحتها 3,20 X 3,20 متر ولها هيكل واحد صغير الحجم.
كنيسة مارجرجس
تقع كنيسة مارجرجس في الكنيسة الأثرية بجوار المعمودية وصحنها 6 x 5,30 متراً
وقد وجدت كتابة باللغة الأرمينية القديمة على الجدار الشرقي لها وإلى جوار باب الهيكل يرجع تاريخها إلى أوائل القرن الحادي عشر، ويوجد بها حالياً جزء من رفات مارجرجس الروماني، ومارجرجس المزاحم، ومارجرجس الإسكندراني.
كنيسة ماريوحنا المعمدان
بنى كنيسة مار يوحنا المعمدان، البابا كيرلس الخامس سنة 1876م وقد بنيت على أطلال كنيسة كانت قبلها باسم الأنبا أبوللو والأنبا أبيب، وكان قد شيدها المعلم إبراهيم الجوهري.
وخبر بناء هذه الكنيسة مذكور في مخطوط يحوي سيرة تكلاهيمانوت الحبشي وموجود في دير البرموس، فيقول: “في يوم الجمعة من شهر بابه سنة 1794م وفي عهد رئاسة البابا يؤانس ال18 توجه رهبان دير البرموس إلى المعلم إبراهيم الجوهري وأعلموه أن القصر القديم (الحصن) قد تهدم وطلبوا منه أن يهتم بترميمه، وأنه أحضر الأنبا يوساب أسقف القيامة وأعطاه المال والغلال وكامل ما تحتاجه البناية. فتوجه الأسقف والبناؤون والفعلة إلى الدير ومكثوا به خمسة شهور وأصلحوا من تهدم من القصر، وبنوا فيه كنيسة على اسم الملاك ميخائيل. وحيث كان بالدير مقبرة فيها جسدا أنبا أبوللو وأنبا أبيب أرسل الأسقف وأعلم إبراهيم الجوهري أنه يريد بناء كنيسة لهذين القديسين، فأرسل له المعلم إبراهيم الجوهري يعلن سروره بذلك ويكلفه ببناء كنيسة لهذين القديسين فبناها الأسقف وكرزها في اليوم الثلاثين من شهر أمشير الذي هو الأحد الثالث من الصوم المقدس في سنة تاريخه”
وتقع هذه الكنيسة يمين الباب الشرقي للدير الأثري، وبها ثلاثة هياكل: الأوسط باسم مار يوحنا المعمدان، والقبلي باسم الأنبا أرسانيوس والبحري باسم أنبا أبوللو وأنبا أبيب.
وبها حجاب هيكل من اهتمام ونفقة أنبا يؤانس (البابا يؤانس ال19) سنة 1910م
وتم ترميم هذه الكنيسة في العصر الحديث في ستينيات القرن الماضي في فترة رئاسة الأنبا مكاريوس أسقف الدير المتنيح، والثانية سنة 1981م وتم دهانها بالزيت من الداخل وتجليد جدرانها بالخشب إلى ارتفاع متر من الأرض. كما تم توسيع الهيكلين القبلي والبحري طولياً بعد إزالة ما كان خلفهما من مخازن، وتم تعلية السقف بإزالة ما كان فوقه من غرف قديمة. وقام المتنيح البابا شنوده الثالث يوم السبت 19 / 11 / 1983 بتدشين المذابح الثلاثة والمعمودية الجديدة.
أما عن أخر ترميم فكان سنة 2004م وكان ترميماً شاملاً أعاد لها بهائها، وقد قام البابا شنوده الثالث في نوفمبر 2005م بزيارتها ومباركتها بعد إنتهاء الترميم.
كنيسة الملاك ميخائيل بالحصن
توجد كنيسة الملاك ميخائيل في مبنى الحصن في الطابق الثالث، وقد بناها المعلم إبراهيم الجوهري. وهي كنيسة صغيرة وبها حجاب هيكل من الخشب المعشق منقوش عليه صلبان وفي صحنها خورسين يفصل بينهما بحاجز خشبي.