انشئت كنيسة الأنبا بيشوي الأثرية في القرن الرابع الميلادي، وتحتوي على ثلاثة هياكل.
الهيكل الأساسي على اسم القديس الأنبا بيشوي، ويرجع تاريخ باب هذا الهيكل إلى القرن العاشر وهو يعتبر من الفن الفاطمي.
والهيكل البحري على إسم السيدة العذراء والهيكل القبلي على إسم القديس يوحنا الحبيب. وهو يضم بعض الرسومات الأثرية على الحائط الشرقي.
ويوجد في الناحية البحرية أمام الكنيسة الصندوق الخشبي الذي يضم جسد القديس الأنبا بيشوي، ورفات (عظام) القديس الأنبا بولا الطموهي.
أما من الناحية القبلية خلف الكنيسة يوجد مزار البابا بنيامين الثاني.
كما يوجد داخل الكنيسة ما يعرف بالإنبل (المنبر) الذي يرجع تاريخه إلى القرن السادس، وكان يصعد عليه الأب الروحي لكي يعظ تلاميذه والشعب ويعلمهم قواعد الإيمان المسيحي. وهو مصنوع من الخشب ومربع الشكل مساحته 2×2 متر مربع وترتفع أرضيته حوالي متر ونصف عن منسوب أرضية الكنيسة. وهو مثبت على عمود خشبي ويستند على الحائط الذي يفصل بين الخورس الأول والخورس الثاني.
وتحتوي الكنيسة أيضا على أيقونة للسيدة العذراء، يرجع تاريخها إلى القرن الرابع عشر، وأيقونة للشهيد مارجرجس يرجع تاريخها إلى القرن الخامس عشر.
كما يوجد داخل الكنيسة باب خشبي طوله حوالي سبعة أمتار ويرجع تاريخه إلى القرن الحادي عشر وهذا الباب يقع في الثلث الأمامي من الكنيسة.
