كانت هناك علاقة قوية بين المتنيح قداسة البابا شنودة الثالث والقديس الأنبا بيشوي، ويقول نيافة الأنبا صرابامون رئيس الأسبق لدير الأنبا بيشوي:
عندما ظهرت القرعة الهيكلية لتعلن السماء أن البابا شنودة الثالث هو البطريرك رقم 117 كان قداسته بجوار جسد الأنبا بيشوي يصلي ويتشفع بالقديس لكي يتمم الله إرادته في حياته.
وتنيح قداسة البابا في القاهرة يوم 17 / 3 / 2012م وترك وصية بأن يدفن في دير الأنبا بيشوي، وبالفعل تم دفنه في مزار خاص به أمام كنيسة الأنبا بيشوي الأثرية في الجهة البحرية.
بني المكان عام 2000م وكان عبارة عن متحف يضم الملابس الكهنوتية للبابا مكاريوس الثالث البطريرك رقم 114
وبعد نياحة قداسة البابا شنودة تم دفن جسده في هذا المكان ليصبح مزاراً خاصاً لقداسته، وتم نقل ملابس البابا مكاريوس الثالث إلى المائدة الأثرية.
وضم هذا المزار الكثير من متعلقات قداسة البابا شنودة الثالث، ملابسه الكهنوتية وملابس الرهبنة وصور له في حياته ومجموعة كبيرة من كتبه.
وأصبح هذا المزار يتوافد عليه الناس ليتباركوا به
