يعد أشهر باب هيكل بأديرة مصر كلها، باب الهيكل الأوسط أو مايطلق عليه “باب الرموز” وهو عبارة عن حامل للأيقونات وهو يعبر عن العلاقة التى تربط بين كنيسة الأسكندرية وكنيسة انطاكية. والكتابة المدونة باللغة السريانية على القائم العلوى من جهة قبلى ترجمتها “الإكرام والتمجيد والتسبيح والتعظيم للثالوث القدوس المسجود له والمتساوى فى الجوهر” ثم يظهر صليب فى منتصف الحلق، ثم من جهة بحرى ما ترجمته “إهتم ببناء وإقامة هذا المذبح “موسى رئيس الدير” وفى وقت البابا غبريال الأول البطريرك ال 57 عام 914م على اسم السيدة العذراء”
اما على القائم البحرى فتوجد كلمات ترجمتها “الله الذى لأجل اسمه القدوس هو يكون لهم مكافئاً على الحسنات ولكل مؤمن إشترك بهذا المذبح وبهذا الدير المقدس ولأجل خلاص وحياة جميعهم وحفظ أبنائهم ورحمة لأمواتهم وغفرانا لخطاياهم” وهو يتكون من 6 ضلف وقسم إلى 7 أقسام ومصنوع من خشب الصنوبر ومحفور به رسوم بديعة ومطعم بالعاج.
الصف الأول العلوى نجده يمثل أيقونات خشبية لمجموعة من القديسين، وهم من اليمين إلى اليسار: القديس ساويرس – القديس أغناطيوس – والدة الإله القديسة مريم – أيقونة السيد المسيح – القديس مارمرقس الرسول – وأخيراً القديس ديسقورس.
ونجد هنا أن السيد المسيح يمسك بكتاب بيده اليسرى ويرفع يده اليمنى لمنح البركة، وقد رسم على هيئة شاب حليق اللحية وحول رأسه الهالة النورانية بدون صليب. كما نجد السيدة العذراء تقف وقدمها اليمنى إلى الأمام ويدها اليمنى منبسطة على صدرها وهى تمسك بيدها اليسرى إحدى طيات ردائها. كما نجد أن أيقونات الآباء البطاركة تمثل البطريرك الأول لكل كنيسة وأكثر البطاركة الذين قابلوا إضطهادات بسبب بدعة نسطور، فنجد الأيقونات الثانية والخامسة يمثلان القديس مرقس الرسول أول بطاركة الإسكندرية والقديس أغناطيوس أول بطاركة أنطاكية، ونجد أن القدم اليسرى للقديس مرقس الرسول متقدمة قليلاً ويبدو أن يده اليمنى رفعت لصدر رداءه أما عن يده اليسرى فهى تحمل كتاباً يضمه إلى صدره. أما الأيقونتين الأولى والسادسة فهما يمثلان الأنبا ساويرس بطريرك إنطاكية ما بين عامى 512م- إلى عام 518م والبابا ديسقورس بطريرك الأسكندرية ما بين 444م إلى عام 454م
ثم بعد ذلك فى الصفوف التالية نجد أشكال زخرفية بمناظر صلبان مختلفة، اعتقد البعض أن هذه الأشكال الزخرفية من الممكن أن تعبر عن المراحل المختلفة التى مرت بها الكنيسة وتمر بها حتى الآن.
يقال أن الصف الأول يرمز إلى عصر انتشار المسيحية في عهد الدولة الرومانية وعصر الإستشهاد، والصف الثانى يرمز إلى عصر الكراسى الرسولية وهي: الإسكندرية – أورشليم – روما – أنطاكية – قسطنطينية – قرطاجة. أما الصف الثالث يظهر به صليب حوله هلال ويرمز إلى ظهور الإسلام ودخول العرب مصر. والصف الرابع يظهر به صليب معكوف ويرمز إلى عصر انتشار البدع والهرطقات. أما الصف الخامس يرمز إلى الفتور الروحي وكثرة الطوائف. وفي الصف الأخير يظهر الصليب في الوسط دلالة على وحدة الكنيسة واتحاد الكنائس ومجئ المسيح الثاني (المرتقبة والمنتظرة)
