تقع كنيسة السيدة العذراء المغارة ملاصقة للسور البحرى فى منتصف الدير تقريباً، أمامها ثلاثة درجات تؤدى إلى الدوكسار الذى يحتوى على باب الكنيسة ومنظر من الموزايك للسيدة العذراء وهى تحمل السيد المسيح، ومستوى الكنيسة أقل من مستوى الدوكسار بستة درجات.
الهيكل الأوسط لهذه الكنيسة مكرس على إسم السيدة العذراء مريم، وحامل الأيقونات مصنوع من الخشب ومطعم بالعاج، وعليه أشكال صلبان ترجع إلى القرن الخامس عشر الميلادى، وتوجد أعلاه أيقونة للسيدة العذراء وهى تحمل السيد المسيح، وعن يمينها ويسارها الإثنى عشر تلميذاً، وأعلى حامل الأيقونات نجد الصليب والمريمات.
وعلى يمين الهيكل أيقونة كبيرة للسيدة العذراء وهى جالسة على العرش وتحمل السيد المسيح.
وعلى يسار الهيكل أيقونة للسيد المسيح وهو جالس على العرش يرفع يده كعلامة للبركة وفى يده الأخرى يحمل الكتاب المقدس، ورأسه محاط بهالة نورانية يتخللها شكل صليب بثلاثة أفرع.
أما بالنسبة للهيكل القبلى فهو مكرس على اسم القديس مارمرقس الرسول وله حامل أيقونات حديث العهد لآباء الرهبنة وهم من الشمال القديس الأنبا باخوميوس أب الشركة، القديس الأنبا أنطونيوس أب الرهبان، وفى المنتصف القديس مارمرقس الرسول كاروز الديار المصرية وحوله مركب وفنار دليل كرازته بالإسكندرية ومدون إسمه باللغة القبطية.
ومن اليمين القديس مكاريوس الكبير مؤسس الرهبنة بمنطقة وادى النطرون
وأخيراً القديس الأنبا شنودة رئيس المتوحدين.
وجميعهم يرتدون إسكيم الرهبنة وبيدهم عصا فيما عدا القديس مارمرقس الرسول الذى يرتدى جلباب ووشاح أزرق اللون.
أما عن الهيكل البحرى فهو مكرس باسم الشهيد مارجرجس الرومانى وعلى حامل الأيقونات من اليمين إلى اليسار:-
الشهيد أبانوب النهيسى والشهيد مارمينا العجائبى وفى المنتصف الشهيد مارجرجس الرومانى والشهيد أبى سيفين، وآخر أيقونة للشهيدة العفيفة دميانة والأربعين عذارى.
الخورس الأول
مقصورة القديسين
فى الخورس الأول نجد مقصورة حديثة العهد بالحائط البحرى للكنيسة أمام هيكل الشهيد مارجرجس وبها أنبوبتين:
الأنبوبة الأولى بها رفات القديس يحنس كاما القس الذى دُمِّر ديره فى القرن الثالث عشر الميلادى فأحضرها رهبان ديره لتوضع فى دير السريان.
أما الأنبوبة الثانية فبها رفات لإثنى عشر قديساً من جنسيات مختلفة وهم القديس مار أفرآم السريانى الذى له شجرة مازالت موجودة بالدير حتى الآن، والقديس ساويرس الأنطاكى بطريرك أنطاكية، والقديس البابا ديسقورس السكندرى البطريرك الخامس والعشرون، والقديس كيرياكوس وأمه الشهيدة يوليطه، والشهيد الأمير تادرس المشرقى، والأربعون شهيداً بسبسطيه، والقديس يعقوب الفارسى المقطع، والقديس يحنس القصير، والقديس موسى الأسود، والقديس أرشليدس الراهب وأخيرا شعر القديسة مريم المجدلية.
والخورس الأول يحتوى على مجموعة من الأيقونات منها:
أولاً- أيقونة للسيدة العذراء وهى تحمل السيد المسيح وتظللها ثلاثة ملائكة من كل جانب ويظهر القديس يوحنا المعمدان وهو مُمسك بقدم السيد المسيح ليذكرنا بقوله ” لست بمستحق أن أحل سيور حذائه” (يو1: 27 ) وبجواره خروف ليذكرنا بقوله “هوذا حمل الله الذى يرفع خطية العالم” (يو1: 29).
ثانياً- أيقونة للقديس مار إيلياس وأعلاها نجد السيد المسيح والسيدة العذراء وأسفلها مدون أنها رسم أنسطاسى الرومى عام 1582 للشهداء.
ثالثاً- أيقونة الصلبوت ويظهر فيها السيد المسيح مصلوباً وحوله اللص اليمين واللص اليسار وثلاثة عساكر بالحربة ومن أسفل السيدة العذراء على اليمين والقديس يوحنا الحبيب على اليسار.
رابعاً- أيقونة القيامة وهى من رسم أنسطاسى الرومى أيضاً عام 1582 للشهداء وهى تشابه نسخة موجودة بالمتحف القبطى.
الخورس الثانى
والخورس الثانى توجد به المقصورة القديمة التى كانت تحمل رفات القديسين الذين تم نقلهم للمقصورة الجديدة بالخورس الأول ولكن أهم ما يميز هذه المقصورة هى الإيقونات المعلقة بها وزخارف من القرن الثانى عشرالميلادى من الخشب المعشق الذى له جماله الخاص، حيث كان الخشب يعتبر ماده رئيسية للأقباط فى فنهم فهو مادة سهلة للنقش وكان يستخدم فى تزيين الكنائس من أبواب وأعتاب وحامل أيقونات، ويستمرت استخدام النقش على الخشب حتى يومنا هذا.
وباب هذا الخورس الثاني الذى يفصله عن الخورس الأول به بعض النقوش الجميلة التى ترجع إلى العصر الفاطمى الذى تميز بالزخارف فقط دون نقش للصور وهو مكون من ثلاث ضلف وطول الباب حوالى ستة أمتار والحشوات جميلة الصنع. ومدخل الكنيسة الوحيد يقع بهذا الخورس من الجهة القبلية.
أما عن الأيقونات بالخورس الثاني المعلقة بجدران هذا الخورس فجميعها أيقونات حديثة.
وفى نهاية هذا الخورس من الغرب نجد حوض اللقان الذى نصلى فيه قداس عيد الغطاس أى عيد الظهور الإلهى.
الخورس الثالث
أما الخورس الثالث فنجد به على الحائط من الجهة الغربية من أعلى ثلاث قطع من الرخام منقوش عليها ثلاثة حروف كل حرف له رمزه ومعناه.
فى المنتصف حرف “فاى” إختصاراً لكلمة “إفنوتى” أي الله.. وحرف “ألفا” من الجهة البحرية بمعنى “البداية” وحرف “أوميجا” من الجهة القبلية بمعنى “النهاية” أي أن الله هو البداية والنهاية.
كذلك بهذا الخورس مجموعة كبيرة من الأيقونات الحديثة لمجموعة من الشهداء والقديسين.
يرجع تخطيط هذه الكنيسة إلى القرن التاسع الميلادى وسميت بالمغارة لوجود مغارة أى سرداب أو مخبأ بالسور البحرى يتم الدخول إليه عن طريق طاقة فى حائط المذبح البحرى وكان الآباء الرهبان يستخدمونها للهروب عند هجوم البربر وهى مازالت موجوده حتى الآن.