حرك الشيطان جماعة من الأشرار يقال لهم البربر لتخريب هذه المجتمعات الرهبانية. البربر قوم متوحشون كانوا يعبدون الشمس ويسكنون الجبال وهم ينتمون إلى قبائل الأمازيغ، وموطنهم الأصلي في شمال أفريقيا (ليبيا – الجرائر – المغرب )
هجموا على صحراء وادي النطرون خمس مرات على مدار 400 سنة من عام 407م حتى عام 840م وفي كل مرة كانوا يقتلون عدد من الرهبان ويهدمون الأديرة ويحرقون القلالي. والسبب في هجوم البربر على منطقة وادي النطرون بالتحديد هو أن هذه المنطقة تعتبر أقرب منطقة تقابلهم عند الخروج من بلادهم.
الهجمة الأولى حدثت عام 407م وبسبب هذه الهجمة ترك القديس الأنبا بيشوي الأسقيط وذهب إلى جبل أنصنا، أما القديس يحنس القصير فذهب إلى جبل القلزم (منطقة البحر الأحمر بجوار جبل أنطونيوس)، واستشهد القديس موسى الأسود في أثناء هذه الهجمة.
الهجمة الثانية حدثت عام 434م وبسبب هذه الغارة ترك القديس أرسانيوس معلم أولاد الملوك، الأسقيط وذهب إلى منطقة طرة بالقرب من حلوان.
الهجمة الثالثة حدثت عام 444م وفي أثناء هذه الهجمة قام البربر بقتل 49 راهب في دير الأنبا مقار، ثم جاءوا إلى دير الأنبا بيشوي وغسلوا سيوفهم الملطخة بدم الشهداء في البئر القائم أمام كنيسة الأنبا بيشوي الأثرية، لذلك يطلق على هذا البئر اسم “بئر الشهداء”
الهجمة الرابعة حدثت عام 620م وكانت شرسة جداً وأصعب من الهجمات السابقة. وقتها تخرب الأسقيط تماماً ولحق بدير الأنبا بيشوي دماراً شاملاً. وفي أثناء هذه الهجمة قام البربر بأسر القديس صموئيل المعترف وعذبوه عذاباً شديداً. وأراد الله بتعمير الأسقيط فقام بتعميره البابا بنيامين الأول البطريرك الثامن والثلاثون.
الهجمة الخامسة حدثت عام 840م وكانت أيضا شرسة جداً، وقتل البربر أعداد وفيرة من الرهبان وخربوا الأسقيط. ولكن أراد الله أن يكتب نهاية لهذا الاضطهاد ويرفع سيف البربر عن رقاب الرهبان. وكانت نهاية البربر على يد أحمد بن طولون الذي شعر أنهم يشكلون خطر على حدود مصر الغربية، فجمع قواد جيشه وتحرك بالجيش وجاء إلى منطقة وادي النطرون، ودارت معركة شرسة قادها أحمد بن طولون نفسه، وفي النهاية انتصر جيش ابن طولون ولم يبقى للبربر بعد ذلك وجود في منطقة وادي النطرون.
