An der Stelle, an der die Heilige Familie residierte, wurde zunächst die Kirche der Jungfrau Maria errichtet. Neben der Kirche befand sich ein römisches Bad. Später wurde ein Kloster gegründet, das als ‚Al-Maghtas‘ (=Taufbecken) Kloster genannt wurde und bis zum Ende des 12. Jahrhunderts n. Chr. mit Mönchen bewohnt blieb.
Danach wurde die Kirche im 11. Jahrhundert auf Befehl des Fatimiden-Kalifen ‚Al-Hakim Be Amr Allah‘ restauriert. Im 16. Jahrhundert verfiel die Kirche und blieb in Trümmern, bis Muhammad Ali Pascha im Jahr 1846 n. Chr. ihren Wiederaufbau unter Einhaltung ihres ursprünglichen Charakters und der Nutzung der verbleibenden alten Bauteile anordnete.
Im Jahr 1968 wurde das Kirchenschiff neu gebaut. Während des Baus wurden Reliquien einiger Heiliger gefunden, darunter die Reliquien des Patriarchs Anba Sawirus von Antiochia und des im siebten Jahrhundert verstorbenen Anba Zacharias, Bischof von Sakha.
Leider ist am 18. Juni 2008 ein Brand in der Kirche ausgefacht, bei dem eine Reihe von Antiquitäten in der Kirche vollständig verbrannten, einschließlich der alten Ikonostase und eine seltene Ikone der Jungfrau Maria. Die Kirche wurde auf sehr präzise und schöne geometrische und künstlerische Weise in der koptischen Baukunst und mit speziellen Ziegelsteinen renoviert und Ende Mai 2014 eröffnet.
Hinter der Ikonostase bzw. ‚der Ikonenhalter’ ist der erhaltene antike Teil der Kirche, der drei Altäre umfasst. Der Hauptaltar trägt den Namen der Jungfrau Maria, dessen Bau auf das 4. Jahrhundert n. Chr. zurückgeht. Er wurde zweimal höher gesetzt, das erste Mal im elften Jahrhundert und das zweite Mal im 19. Jahrhundert.
