Die erste Kirche in Deir Al-Garnous wurde im dritten Jahrhundert unter dem Namen ‚Abai Issous‘ gebaut. Als ein Priester namens Thomas die Messe hielt und sich auf die Kommunion vorbereitete, erschien ihm ein Engel und befahl ihm: „Sammle die Abendmahlsgeräte und verstecke sie unter dem Altar, nachdem du die Kommunion empfängst, da die Ungläubigen diesen Ort angreifen und die Kirche zerstören werden!“. Er führte den Befahl des Engels aus und floh danach durch unterirdische Krypta, die noch heute besteht.
Als Kaiser Diokletian die Kopten verfolgte, wurde die Kirche eingestürzt. Sie blieb in diesem Zustand unter einem Erdhaufen bis zum siebten Jahrhundert n. Chr.
Ein Seelsorger der Aba-Kirche in Al-Bahnasa namens Priester Antonius hatte in eine Vision, in der Jesus Christus ihm verkündete, dass dieser Ort von den Engeln umgeben ist, Lobpreisklänge an diesem Ort gehört werden und dass unter den Hügeln eine alte Kirche verborgen ist. Daraufhin ging der Priester in die Stadt Al-Bahnasa und erzählte dem damaligen Bischof von Al-Bahnasa, Anba Kyriakos die Vision.
Danach erschien dem Anba Kyriakos die Jungfrau Maria mit ihrem geliebten Sohn in einem großen Licht, das heller scheint als der Glanz der Sonne. Jesus Christus sagte ihm. „An diesem Ort steht der Altar der Herrlichkeit, der ewig sein wird.“
Dann richtete die Gottesmutter die Frage an ihren Sohn: „Wie lange wird dieser Ort in Trümmern bleiben, geliebter Sohn?“ Er antwortete: „Selbst, wenn dies eine Ruine ist, wird das Andenken an den Ort verewigt sein. Eine große Gemeinde wird ihn beleben und sein Name wird berühmt sein.“ Nachdem Jesus seine Worte sprach, verschwanden er und seine Mutter aus dem Blickfeld.
Anba Kyriakos beauftragte den Priester Antonius und einige andere Priester und Laien damit, zu diesem Ort zu gehen. Sie fanden den Sarg des Heiligen, die heiligen Abendmahlsgeräte und die Schrift von Priester Thomas, dem früheren Diener der Kirche.
So wurde die Kirche von Anba Kyriakos im siebten Jahrhundert renoviert und an Priester Antonius übergeben, der in der Kirche treu diente.
