Die Lage der Jungfrau Maria Kirche in ihrer Einfachheit, Besonderheit und Bescheidenheit in der Wildnis, bewegte die Menschen dazu, sich neben ihr fern von dem Trubel der Welt anzusiedeln.
Das große Privileg dieses Ortes, der von der Heiligen Familie als sicherer Zufluchtsort in ärmlichen Verhältnissen bewohnt wurde, suchten die Anbeter auf, um dort ein asketisches Leben neben der Kirche in Armut und Demut zu leben. Hier fanden die Ansiedler den Segen, den der Herr der Herrlichkeit diesem Ort geschenkt hatte und den Ausgangspunkt zum Weg des Heils zum Erwerb der Krone des ewigen Lebens im Himmelreich.
Einige dieser frühen Einsiedler hatten eine gute Beziehung zum großen Heiligen Antonius. Nach dem Ableben des Anba Pachomius, Gründer der Gemeinschaftsklöster, wurden die pachomianischen Klöster von seinen Schülern, wie Tadros und Orsios, über ganz Ägypten verbreitet. Viele klösterliche Gemeinschaften folgten ebenfalls den Gesetzen von Anba Pachomius, ohne sich der Pachomius Ordensgemeinschaft anzuschließen. Andere bauten Klöster und schöpften aus dem pachomianischen System ein eigenes System.
Einige Schüler des Anba Pachomius oder zumindest eine Gruppe von Mönchen der pachomianischen Gemeinschaft beteiligten sich an der Gründung des Qosqam Klosters in der zweiten Hälfte des vierten Jahrhunderts mit den Gläubigen, die dort lebten. Es ist nicht bekannt, wann genau sie umsiedelten, aber sicher ist, dass dies nach dem Ableben des Anba Pachomius (346 n. Chr.) geschah.
Anba Pachomius errichtete nur neun Mönchsklöster und zwei Nonnenklöster, die alle zwischen Akhmim im Norden und Esna im Süden liegen. Das Leben in der Gemeinschaft folgte dem Vorbild der frühen Kirchengemeinde, bei der jedes Hab und Gut in der Gemeinschaft geteilt wurde (Apostelgeschichte 2:44). Armut, Askese und die Flucht vor dem Besitz waren die Grundlage des leiblichen Lebens in der pachomianischen Gemeinschaft. Das geistliche Leben der Mönche war nach der Bibel, der Eucharistie und dem ständigen Gebet ausgerichtet.
Die Anwendung der pachomianischen Gesetze im Qosqam-Kloster hatte insofern einen besonderen Charakter, weil das Kloster offen war für die Besucher, die Heilung durch das Wasser des von Jesus Christus gesegneten Brunnens suchten und den Menschen außerhalb des Klosters beistand, die die Fürbitte der Gottesmutter zu erbitten verlangten.
König Zenon besuchte Qosqam um 481 n. Chr. auf Wunsch seiner Tochter Hilaria, die im als Mönch Wadi El-Natrun lebte. Er befahl den Bau von Festungen in den ägyptischen Klöstern, einschließlich des Muharraq-Klosters.
