Die Heilige Familie blieb ungefähr sechs Monate und zehn Tage an diesem Ort. Nach dem ägyptischen und römischen (julianischen) Kalender damals kamen sie in Qosqam in der Nacht des 7. Bermuda, entsprechend dem 2. April, an und reisten tagsüber am 6. Baba, entsprechend dem 3. Oktober ab.
Al-Maqrizi erwähnte im 15. Jahrhundert n. Chr., dass Jesus sechs Monate und einige Tage in diesem Kloster verweilte.
Die alte Kirche der Jungfrau -befindet sich auf der Westseite des Muharraq Klosters- wurde den Überlieferungen im Volksmund gemäß nach der Ankunft des Heiligen Markus in Ägypten im Jahr 60 n. Chr. gebaut. Der Herr Christus selbst weihte deren Altar mit Wasser nach seiner Auferstehung in Gegenwart der Jungfrau Maria und den Aposteln. Dies berichtet Seine Heiligkeit, Papst Theophilus, der 23. Patriarch im späten vierten Jahrhundert in seinem Manuskript, in dem er von der Erscheinung der Mutter Gottes in einer Vision berichtet und wie sie ihm die Einzelheiten der historischen Reise der Heiligen Familie in Ägypten geschildert und ihm preisgegeben hat, dass Jesus Christus selbst diese Kirche mit seinen reinen Händen eingeweiht hat. (Synaxarium im Muharraq Kloster, Nr. 2/9, 3/9, aufgezeichnet von Seiner Eminenz, Bischof Gregory in seinem Buch über das Kloster, S. 106, und im Denfar, 6. Hatour).
Diese Kirche aus Lehmziegeln ist einzigartig in ihrer Schlichtheit. Trotz der Änderungen und Restaurierungen im Laufe der Geschichte behielt die älteste Kirche im Kloster ihre ursprüngliche einfache Gestalt mit unregelmäßigen Wänden, ohne jegliche künstlerischen Ornamente, Zeichnungen oder Dekoration. Sie ordet sichauch nicht einer architektonischen Typologisierung.
Über die Epochen veränderten sich die meisten antiken Kirchen im Zuge ihrer Restaurierung zu Meisterwerken der koptischen Kunst. Aber nichts dergleichen geschah in der alten Jungfrau Maria Kirche durchwegs durch die verschiedenen Restaurierungen bis zur letzten im 19. Jahrhundert, außer dass die drei Kuppeln über dem Altar im 16. n. Chr. errichtet wurden.
Es ist eine alte, tief verwurzelte Tradition der Väter dieses Klosters, die Kirche so unverändert zu belassen, wie sie stets war. Sie blieb über die Epochen auf göttlichem Befehl Zeuge für die Demut des eingeborenen Sohnes, der die Gestalt eines Sklaven angenommen hat, um sein Volk zu retten (Erklärung der Jungfrau Maria in der Vision des Papstes Theophilus 23).
Der koptischen Geschichte nach blieb die Hütte, in der sich die Heilige Familie aufhielt, bis zum 19. Jahrhundert unverändert gleich. Als sie in frühchristlicher Zeit in eine Kirche umgewandelt wurde, wurden Abtrennungen und Absperrungen ergänzt, die dem kirchlichen Ritual entsprachen.
So wurde in der östlichen Wand die Apside gebaut, die die Sehnsucht Gottes nach seiner Kirche und das Warten auf sein Kommen symbolisiert. Ansonsten wurden nur noch zwei schlichte Räume auf beiden Seiten des Altarraums gebaut. Der Raum links öffnet sich ohne Tür zum Kirchenschiff hin und ist für die Kleidung der Priester bestimmt. Der rechte Raum ist für Diakonie und dem Gottesdienst bestimmt und hat eine Öffnung im Boden direkt bei der östlichen Wand, um den Weihrauchkessel nach dem Gebet zu entleeren. Der Altarraum ist mit seinen zwei Kammern der älteste Teil der antiken Kirche. Mit der Vielzahl der Restaurierungen sind seine Mauern dicker geworden.
Vom Standort her befindet sich der Altar genau ‚in Ägyptens Mitte‘ nach den Worten des Propheten Jesaja: ‚An jenem Tag wird es einen Altar für den Herrn mitten im Land Ägypten geben und eine Säule für den Herrn an seiner Grenze.‘ (Jesaja 19:19).
Als die einfachen koptischen Bauarbeiter die Hütte in eine Kirche damals umbauen wollten, formten sie die vier Säulen um den Altar, die nach dem koptischen Ritus die vier Evangelisten symbolisieren, wegen der Enge des Raums in Form von Vorsprüngen an der rechten und linken Wand und setzten darauf zwiebelförmige Kronen.
Der wichtigste Bestanteil in der Kirche ist der Steinaltar. Archäologisch wurden Steinaltäre im Allgemeinen im sehr frühen Zeitalter gebaut. Die Überlieferung bestätigt auch das Alter dieses Altars. Auf diesem Stein der saß Jesus Christus als Kind und ihn segnete der Herr mit Seiner göttlichen Rechten.
Über diesen Altar erzählt Bischof Gregory eine seltsame Geschichte, die in den sechziger Jahren des zwanzigsten Jahrhunderts geschah und er von einigen Mönchen des Klosters zitiert. „Ein Abt des Klosters im zwanzigsten Jahrhundert wollte einen größeren Altar statt dem alten Altar bauen, weil er der Ansicht war, dass der antike Steinaltar zu klein war und für die Utensilien auf dem Opfertisch nicht genügend Platz hergab. Deshalb wollte er den Altar abreißen und bat einen Mönchen dies zu tun. Als der Mönch auf Befehl des Abts die Axt nahm um den ersten Schlag zu schlagen, wurde seine Hand plötzlich gelähmt. Daraufhin erschrak der Mönch und unterließ dieses Unterfangen. Er konnte seine Hand nicht gleich wieder bewegen, sondern erst nach tiefen Gebeten, Erbitten der Gnade und Salbung mit dem heiligem Öl. Dieses Wunder war eine Lehre und eine Ermahnung.“
Daher achtete der Bischof Sawiris und Abt des Muharraq Klosters darauf, dass der ursprüngliche Zustand dieses Altars bewahrt bleibt. Nur die nötigen Geräte, die der heiligen Liturgie dienen, werden auf dem Altar platziert. Andere Gegenstände, wie der Kerzenständer werden auf dem Boden um den Altar herum aufgestellt.
Der Altar hat die Form eines Quaders. Auf dem Altar liegt eine halbkreisförmige Marmorplatte, auf der eine Inschrift in griechischer Sprache steht: ‚O Herr, nimm auf die Seele des Cletus‘. Das eingravierte Datum ist 15 Kiahk des Jahres 463 A. M. nach dem koptischen Kalender, entsprechend dem 11. Dezember 746 n. Chr.‘ Die halbkreisförmige Marmorplatte ist eine Besonderheit der alten koptischen Altäre in Ägypten. Auch bei den alten koptischen Ikonen, die das Abendmahl darstellen, ist der Halbkreises oft wiederzufinden, und zwar bei der Abbildung des halbkreisförmigen Tisches.
Die Innen- und Außentüren des Altarraums und sogar die Türen der Kirche sind von geringer Höhe, wodurch sich die Gläubigen beim Hindurchzugehen in Ehrfurcht und Respekt beugen müssen, die dem Haus des Herrn gebühren.
Das Kirchenschiff veränderte sich im 19. Jahrhundert. Von der alten Kirche vor dem 19. Jahrhundert war nur noch die südliche Mauer zwischen dem ersten und dem zweiten Chorraum übriggeblieben. Der Rest aller Mauern wurden im 19. Jahrhundert neu gebaut.
Es ist schwer zu sagen, ob das Kirchenschiff früher mit Kuppeln überdacht war oder nicht. Nach den bisher gewonnenen geschichtlichen Nachweisen blieb der Lehmbau über die Jahrhunderte bestehen und wurde von Zeit zu Zeit restauriert. Die bisher bekannten Restaurierungen sind eine im 16. Jahrhundert, bei der die drei Kuppeln über dem Altarraum und eine andere im 19. Jahrhundert bei der das Kirchenschiff erweitert und die sieben Kuppeln über dem Kirchenschiff gebaut wurden.
Die Kuppeln sind auf Trompen gebaut. Das Kirchenschiff hat eine räumliche Aufteilung in drei Bereichen nach dem üblichen Schema in den frühen Kirchen: Ein erster Bereich der Katechumenen, ein zweiter Bereich der Büßenden und ein dritter Bereich der Gläubigen und Teilnehmenden am Geheimnis der Eucharistie. Die Vestibüle mit zwei Säulen in der Mitte ist mit einem Holzdach überdacht. Auf ihr wurde die Abessinierkirche errichtet.
In den 30er Jahren des 20. Jahrhunderts bekam der Kirchenbau eine Putzschicht innen und außen und der Boden wurde mit Fliesen verlegt. Die Abessinierkirche wurde wegen der hohen Last abgeschafft.
Die Ikonostase [Ikonenhalter, Ikonentragende Trennwand]
Derzeit gibt es in der Kirche zwei Ikonostasen. Die erste stammt aus dem 16./17. Jahrhundert. Sie trennt das Kirchenschiff vom Altarraum und steht direkt vor dem Altarraum. Die zweite steht neben der ersten und stammt aus dem 19. Jahrhundert. Sie war früher der Ikonenhalter der Abessinierkirche.
Der erste Ikonenständer weist zum Kirchenschiff hin wiederholende geometrische Kreuzmuster aus kleinen Holzstücken mit Elfenbeineinlagen auf, die exakt ineinander zusammengefügt sind. In den vier Seiten des Kreuzes sind Elfenbein eingelegte Fischfiguren in verschiedenen Wachstumsstadien dargestellt, die die Entwicklungsstadien eines beginnenden Lebens und die vier Evangelien symbolisieren. Sie erinnern den Betrachter daran, dass das Kreuz Christi Mittelpunkt und Quelle des neuen Lebens eines Gläubigen sind.
Nach dem Kirchenhistoriker Bischof von Fuwah, Anba Yusab in seinem Buch ‚Die der Patriarchen‘ war der 70. Patriarch, Papst Gabriel Ibn Trek (1131-1145 n. Chr.) der erste, der die Idee der Holztrennwand vor dem Altarraum einführte. Vorher gab es dieses Element nur bei der Abu Serga Kirche.
Öllampen und Straußeneier:
Während der Kirchenbau den Himmel symbolisiert sind die Öllampen und Kerzen als Symbole für die Sterne. Dem Gläubigen wird durch diese Symbole nahegebracht, wie herrlich der geistige Himmel geschmückt sein wird, wenn der materielle Himmel so reich mit Sternenlichtern geschmückt ist.
Die Tradition der Lichter in der Kirche stammt von den Aposteln, weil ihr Versammlungsraum mit vielen Lichtern beleuchtet wurde. (Ap 20:8)
Öllampen werden während des Gottesdienstes und des Gebets mit reinem Olivenöl angezündet und vor den Ikonen in der Kirche platziert. Sie stehen für Jesus Christus, der durch seine Heiligen nach außen strahlt.
Die Öllampe an der Ostwand bleibt dauernd angezündet, damit die fremden Geister von der Kirche fernbleiben. Gleichwohl veranschaulicht sie, dass die Öllampe der Bezeugung nach dem Spruch Moses ständig angezündet werden soll (Exodus 27: 20 – 21). Sie symbolisiert auch den Stern, der den Weisen aus dem Osten in der Levante erschien.
Gleichwohl war die Öllampe vor der Altarraumtür ständig beleuchtet. (sie wurde mittlerweile aber abgeschafft). An den Öllampen vor dem Altarraum hängen Straußeneier, die die Auferstehung symbolisieren (siehe Hiob 39: 14, 15).