Im Kloster des Heiligen Bishoy sind elf Kirchen, von denen die berühmtesten hier beschrieben sind:
1- Die alte Anba Bishoy Kirche:
Die alte Kirche von Anba Bishoy wurde im vierten Jahrhundert n. Chr. errichtet und hat drei Altäre. Der Hauptaltar in der Mitte ist Sankt Bishoy geweiht. Seine Tür ist datiert weist die Kunst im 10. Jahrhundert im Zeitalter der Fatimiden auf.
Der Altar auf der Nordseite ist der Heiligen Jungfrau Maria, während der Altar auf der Südseite dem Johannes dem Geliebten geweiht ist. Im letzteren Altarraum gibt es an der Ostwand antike Gemälde.
Auf der nördlichen Ecke der Kirche befindet sich ein Reliquienschrein, in dem der die Überreste von Anba Bishoy und die Reliquien (Knochen) des Heiligen Anba Paula von Tamoh (Paula Al-Tamouhi) aufbewahrt sind. Im Süden, hinter der Kirche ist der Schrein von Papst Benjamin II.
Das Kirchenschiff hat eine Holzkanzel aus dem 6. Jahrhundert, von der aus der Geistliche seine Predigten hielt und den Menschen die Regeln des christlichen Glaubens lehrte. Die Kanzel trennt den ersten vom zweiten Chorraum und hat eine quadratische Fläche von 2 x 2 m2. Sie ist auf einer Mauer und einer Holzsäule gestützt und 1,5 m vom Kirchenboden erhöht.
In der Kirche befindet sich auch eine Ikone der Jungfrau Maria aus dem 14. Jahrhundert und eine andere Ikone des Märtyrers Georg aus dem 15. Jahrhundert. Im vorderen Drittel der Kirche existiert eine Holztür aus dem 11. Jahrhundert, deren Länge ungefähr sieben Meter beträgt.
2- Die Kirche des Heiligen Abaskhiroun von Kellin (Abaskhiroun Al-Kellini) :
Der Zugang zur Kirche ist vom Inneren der Anba Bishoy Kirche. Sie hat einen Altar aus dem vierten Jahrhundert mit den Ikonenhalter aus dem 11. Jahrhundert. Der Altar war einer der Altäre der alten Anba Bishoy Kirche, doch wurde er im 14. Jahrhundert davon getrennt. Die Kirche enthält die Reliquien des Märtyrers Abaskhiroun. Der Heilige stammte aus dem Gebiet Kellin und wurde im vierten Jahrhundert während der Herrschaft von Diokletian gemartert. Papst Benjamin brachte die Reliquien des Heiligen vom Anba Samuel-Kloster im 14. Jahrhundert, da dieses Kloster zu dieser Zeit fern gelegen und ungeschützt war und von vielen Banditen und Dieben angegriffen wurde.
3- Die Heilige Jungfrau Maria und Papst Benjamin I. Kirche
Auch diese Kirche liegt in und hat ihren Zugang von der Hauptkirche von Anba Bishoy an der nördlichen Ecke. Sie war ein Teil der Anba Bishoy Kirche und wurde im 14. Jahrhundert von ihr getrennt. Sie hat einen Altar aus dem vierten Jahrhundert. An der Ostseite sind Reste von Fresken (Wandmalereien) aus dem 11. Jahrhundert. Der Ikonenhalter stammt aus dem 18. Jahrhundert (1489 nach dem koptischen Kalender).
4- Die Kirche des Heiligen Georg:
Die im 6. Jahrhundert errichtete Kirche grenzt an die alte Kirche von Anba Bishoy auf der süd-westlichen Seite. Sie hat zwei Altäre, die jeweils für den Märtyrer Georg und für die Jungfrau Maria geweiht sind. Die Reliquien des Märtyrers sind in der Kirche aufbewahrt.
5- Die Heilige Jungfrau Maria Kirche in der Festung:
Die Kirche lässt sich auf das Errichten der Festung im fünften Jahrhundert zurückdatieren und liegt in der zweiten Ebene. Sie nimmt zwei Drittel der Fläche ein und enthält drei Altäre. Der Hauptaltar ist der Heiligen Jungfrau Maria geweiht. Der nördliche Altar aber ist Anba Rewais und Anba Abram, dem Bischof von Gizeh und Fayoum geweiht, der südliche Altar den drei Makarios Heiligen und Anba Samuel dem Bekenner.
An der Nordwand des nördlichen Altars berichtet uns eine schwarze Inschrift eines Mönchs über den Besuch von, des Patriarchen von Antiochien (Syrien) Ignatius am Samstag, den 6. Amshir 1089 (nach dem koptischen Kalender), 1473 n. Chr.
6- Die Kirche des Erzengels Michael:
Die Kirche in der 3. Ebene der Festung entstand auch aus im fünften Jahrhundert. Die Kirche in der dritten Ebene der Festung in den koptischen Klöstern wurde üblicherweise dem Erzengel Michael geweiht, weik er als der Schutzengel gilt. Der klösterlichen Traditionen nach ist ‚der Erzengel Michael der Schutzengel der Mönche‘. Die Kirche hat einen wunderschönen Ikonenhalter aus dem 9. Jahrhundert, der in 1792 n. Chr. von Ibrahim Al-Gohary, dann in 1935 n. Chr. im Auftrag von Papst Youannis XIX. restauriert wurde.
