Die Fläche des alten Anba Bishoy Klosters beträgt etwa 1,2 Hektar. Vor fast einem Jahrhundert veranlasste der Prinz Omar Toussoun die erste Vermessung des antiken Klosters, dessen Bauten, Festung, Mauer und Mühle. Er besuchte das Kloster im Jahr 1935 und erstellte dann eine Dokumentation mit den Einzelheiten der Sehenswürdigkeiten und Denkmälern des Klosters.
Das Anba Bishoy Kloster in der Wadi el Natrun Wüste ist nach dem Heiligen Bishoy genannt, der es im vierten Jahrhundert, genauer im Jahr 374 n. Chr. gründete.
Anba Bishoy wurde im Jahr 340 n. Chr. im Alter von zwanzig Jahren Mönch und begab sich in die Wadi el Natrun Wüste. Dort lebte er bei Tal Abu Hennes, ein Ort, der drei Kilometer südöstlich des heutigen Klosters liegt. Zusammen mit seinem Weggefährten Johannes dem Zwerg waren beide Jünger des Heiligen Anba Bemwa. In den 34 Jahren, die Anba Bishoy bei seinem Lehrer verbrachte, erwies er sich als beispielhafter Jünger im Gehorsam, in der Askese und der Gottesfurcht.
Im Jahr 374 n. Chr. ruhte Anba Bemwa in Frieden. Ein Engel erschien beiden Jüngern. Der Engel leitete den Heiligen Johannes an, er solle sich neben dem Baum des Gehorsams niederlassen. Danach leitete der Engel Anba Bishoy an, zwei Meilen von Tal Abu Hanas entfernt nach Westen zu leben. Der Heilige Anba Bishoy begab sich an den Ort, den der Engel für ihn bestimmte, und lebte dort in der Höhle, die heute noch im syrischen Kloster der Jungfrau Maria (El-Sourian-Kloster) besteht.
Während seines dortigen Aufenthalts erlangte er Berühmtheit auf der ganzen Erde. Der Einsiedler wurde in kurzer Zeit berühmt und hatte viele Nachfolger. Seine Anhänger bauten bald zusammen die alte Anba Bishoy Kirche, gruben den Brunnen, der später als der ‚Brunnen der Märtyrer‘ genannt wurde und bauten eine Mühle zum Mahlen der Getreide.
Soweit zur Entstehung des Anba Bishoy Klosters, das bis zum Jahre 407 n. Chr. in Frieden existierte. In diesem Jahr war ein Angriff der Berber auf das Kloster, worauf der Heilige und seine Schüler die sketische Wüste verließen und in das Gebiet Ansena (Malawi in der Provinz Minya) umsiedelten, wo der Heilige ein weiteres Kloster in der Region Deir El-Bersha gründete, welches bislang seinen Namen trägt. Im Jahr 417 n. Chr. ruhte er in Frieden und wurde ehrenhaft bestattet.
Im Jahr 840 n. Chr. konnte der Herrscher Ahmed Ibn Tulun die Berber besiegen. Die Klostermauer, die bis heute besteht, bauten die Mönche in den folgenden drei Jahren, denn das Kloster hatte bis zu dem Zeitpunkt keine Umfassungsmauer. Danach baten die Mönche den 51. Patriarchen des Heiligen Markus Stuhls, Papst Yousab den Leichnam von Anba Bishoy aus Ansena in sein Kloster zurückzubringen. Somit wurde der Leichnam des Heiligen im Jahr 843 n. Chr. zurück in sein Kloster in der sketischen Wüste gebracht, nachdem mehr als 400 Jahre in Ansena war.
Es geschah dann im 13. Jahrhundert, dass das Kloster einem Termitenbefall ausgesetzt war und dadurch die Holzdecken der alten Kirche und alle Bauteile aus Holz im Kloster zerstört wurden. Im 14. Jahrhundert setzte Papst Benjamin II dafür ein, dass die eine neue Steinüberdachung bekommt.
Deshalb wird die alte Kirche auf das vierte und ihre Decke auf das vierzehnte Jahrhundert datiert. Das Klosterleben verlief dann über die Jahrhunderte weiterhin, bis heute, friedlich, ohne dass sich bemerkenswertes daran ändert.
Erst neuerdings erlebte das Kloster im Papsttum des 117. Patriarchen von Alexandria, Papst Schenouda III. (gewählt im November 1971), einen großen klösterlichen und baulichen Wandel. Das Kirchenoberhaupt veranlasste den Bau vieler Kirchen, Dienstgebäuden und den päpstlichen Sitz im Kloster.
Seine Heiligkeit Papst Tawadros II. (auf dem Stuhl des Heiligen Markus seit November 2012) setzte die Entwicklung fort und gründete das päpstliche Logos-Zentrum, das viele geistliche Konferenzen und kulturelle Veranstaltungen beherbergt. Ferner ermutigt das Oberhaupt die Mönchsväter zu forschen, zu studieren und verschiedene Sprachen zu beherrschen.
