Die alte Kirche von Anba Bishoy wurde im vierten Jahrhundert n. Chr. errichtet und hat drei Altäre. Der Hauptaltar in der Mitte ist Sankt Bishoy geweiht. Seine Tür ist datiert weist die Kunst im 10. Jahrhundert im Zeitalter der Fatimiden auf.
Der Altar auf der Nordseite ist der Heiligen Jungfrau Maria, während der Altar auf der Südseite dem Johannes dem Geliebten geweiht ist. Im letzteren Altarraum gibt es an der Ostwand antike Gemälde.
Auf der nördlichen Ecke der Kirche befindet sich ein Reliquienschrein, in dem der die Überreste von Anba Bishoy und die Reliquien (Knochen) des Heiligen Anba Paula von Tamoh (Paula Al-Tamouhi) aufbewahrt sind. Im Süden, hinter der Kirche ist der Schrein von Papst Benjamin II.
Das Kirchenschiff hat eine Holzkanzel aus dem 6. Jahrhundert, von der aus der Geistliche seine Predigten hielt und den Menschen die Regeln des christlichen Glaubens lehrte. Die Kanzel trennt den ersten vom zweiten Chorraum und hat eine quadratische Fläche von 2 x 2 m2. Sie ist auf einer Mauer und einer Holzsäule gestützt und 1,5 m vom Kirchenboden erhöht.
In der Kirche befindet sich auch eine Ikone der Jungfrau Maria aus dem 14. Jahrhundert und eine andere Ikone des Märtyrers Georg aus dem 15. Jahrhundert. Im vorderen Drittel der Kirche existiert eine Holztür aus dem 11. Jahrhundert, deren Länge ungefähr sieben Meter beträgt.
