Papst Shenouda III. hatte eine besonders enge Bindung zum Heiligen Anba Bishoy. Der frühere Abt des Klosters, Anba Sarabamon sagte, dass Papst Shenouda III. vor seinem Papsttum, am Tag der Wahl zum 117. Patriarch des Heiligen Stuhls Markus und Papst von Alexandria, neben dem Schrein des Heiligen Bishoy saß und für seine Fürbitten für Gottes Willen in seinem Leben betete.
Papst Shenouda III. liebte das Kloster des Heiligen Bishoy. Er erklärte in seinem Testament, dass er dort begraben werden will. Am 17. März 2012 entschlief der Papst und wurde in einer besonderen Grabstätte an der Nordseite vor der alten Kirche begraben. In diesem im Jahr 2000 erbauten Raum waren die päpstliche Kleidung und Gegenstände von Papst Makarios III. aufbewahrt und ausgestellt. Nach dem Tod von Papst Shenouda III. wurde die päpstliche Kleidung von Papst Makarios III. in das alte Refektorium verlegt und Papst Shenouda III. fand an diesem Ort seine letzte Ruhestätte.
Die Grabstätte umfasst eine Sammlung von seinen Gegenständen, seine päpstliche Kleidung, Bilder und von ihm verfasste Texte und Bücher. Viele Menschen pilgern zu seiner Grabstätte, um seinen Segen zu erhalten.
