Das Bishoy-Kloster hatte schwere Zeiten, über die uns der verstorbene Papst Schenouda III. in einem Artikel am 17.11.1978 in der Zeitschrift von Al-Karaza berichtet:
„Das Bishoy-Kloster stand in jeder Hinsicht kurz vor dem Zusammenbruch. 1961 erklärte der ehemalige Abt des Klosters, Anba Bassilius seine völlige Unfähigkeit, das Kloster zu leiten und dafür aufzukommen. Die Mönche baten Papst Kyrill VI. um Hilfe, weil sie ihren Lebensunterhalt nicht mehr bestreiten konnten. Der Papst beauftragte daraufhin den verstorbenen Abt des El-Syrian Klosters, Anba Theophilos die Unterhaltungskosten und Schulden des verschuldeten Bishoy-Klosters zu zahlen. Doch die klösterliche und bauliche Entwicklung brauchte das Eingreifen von Gottes Hand.“
Als Papst Schenouda III. zum Papsttum gewählt wurde, gab es im Kloster nur zehn Mönche. Vier davon lebten innerhalb seiner Mauern, während die anderen sechs außerhalb des Klosters dienten. Der Papst ernannte für die Leitung des Bishoy-Klosters den Abt Anba Sarabamon.
Die bauliche und klösterliche Neubelebung begann und entwickelte sich in der Zeit von Papst Schenouda III. Heute leben im Kloster etwa 200 Mönche, von denen ca. 25 das Einsiedlerleben führen. Einige von ihnen leben als Eremiten in ihren eigenen Zellen innerhalb der Klostermauer und verlassen sie nur bei Bedarf. Andere leben in Höhlen und Einzelzellen außerhalb der Klostermauern.
Zu diesen Einsiedlern gehören beispielsweise die Anba Bishoy Mönchspriester Justus und Paphnutius.
