Wadi el Natrun war nie vor Unheil und Gefahren verschont. Die größten Unheilstifter waren die Berber. Die Berber gehören zu den ‚Amazigh‘ Stämmen. Sie waren wilde Menschen, die ursprünglich in den Bergen in Nordafrika (Libyen – Algerien – Marokko) lebten und die Sonne anbeteten. Der Grund der Berberangriffe auf Wadi el Natrun ist, dass dieses Gebiet das ihnen nächstliegende Gebiet ist, wenn sie ihre Länder verlassen.
Vom Teufel besessen töteten sie Mönche, verbrannten Mönchszellen, raubten und zerstörten Klöster. Fünf Angriffe auf das klösterliche Leben über einen Zeitraum von ca. 400 Jahren (407 bis 840 n. Chr.) in der sketischen Wüste im Wadi el Natrun sind uns bekannt.
Der erste Angriff war in 407 n. Chr. Wegen dieses Angriffs verließ der Heilige Bishoy die sketische Wüste und ging zum Berg Ansena. Sein Freund Johannes der Zwerg ging zum Al-Qalzam Berg (beim Roten Meer, neben dem Antonius Berg). Während dieses Angriffs erlitt Moses der Schwarze den Märtyrertod.
Der zweite Angriff war im Jahr 434 n. Chr. Wir wissen, dass der Heilige Arsenius (bekannt als Lehrer der Königskinder) während dieses Angriffs von der sketischen Wüste floh und in die Gegend von Tora, Nähe Helwan ging.
Im dritten Angriff im Jahr 444 n. Chr. töteten die Berber 49 Mönche im Makarius-Kloster, dann gingen sie zum Anba Bishoy Kloster und wuschen ihre mit dem Blut der Märtyrer befleckten Schwerter im Brunnen vor der alten Anba Bishoy Kirche. Aus diesem Grund wurde dieser Brunnen „Märtyrerbrunnen“ genannt.
Der vierte Angriff im Jahr 620 n. Chr. war heftiger und schwerwiegender als die vorherigen. Durch diesen Angriff wurden die Klöster in der sektischen Wüste, besonders das Anba Bishoy Kloster, völlig zerstört. Während dieses Angriffs nahmen die Berber den Heiligen Samuel den Bekenner gefangen und folterten ihn schwer. Durch Gottes Segen wurde die sektische Wüste von Papst Benjamin I., der 38. Patriarch des Stuhls des Heiligen Markus, wiederbelebt und die Klöster rekonstruiert.
Der fünfte Angriff im Jahr 840 n. Chr. war er ebenfalls sehr heftig. Wieder ermordeten die Berber eine große Anzahl von Mönchen und zerstörten die Region.
Aus Gottes Barmherzigkeit hatte diese Verfolgung ein Ende und die Hälse der Mönche wurden von den Schwerten der Berber gerettet, als der Herrscher Ägyptens Ahmed Ibn Tulun diese Stämme als Bedrohung des Landes von der Westgrenzen empfand. Er sammelte seine Armee und zog in das Gebiet Wadi el Natrun, wo eine erbitterte Schlacht stattfand. Von Ahmed Ibn Tulun selbst angeführt besiegte die Armee die Berber letztendlich und die Berber kamen dann nicht mehr in die Wadi el Natrun Region.
