Der Eingang zur Höhle des Heiligen Anba Bishoy ist über die Klosterkirche der Jungfrau Maria. In dieser Höhle, die aus der zweiten Hälfte des vierten Jahrhunderts stammt, lebte der Altvater fast fünfunddreißig Jahre. Es wählte diesen fern von seinem Kloster gelegenen Ort, um ein ungestörtes ruhiges Einsiedlerleben zu führen. Hier erschien ihm der Herr Jesus Christus mindestens dreimal. Manchmal band der Heilige seine Haare mit einem Seil zusammen, das an der Decke der Höhle befestigt war, um während seiner Nachtgebete nicht in Schlaf zu verfallen.