Nachdem etliche Einsiedler in die nördliche Region des Wadi el Natrun gekommen waren und sich angesiedelt hatten, zog der sechzig Jahre alte Makarius um das Jahr 360 n. Chr. vom nördlichen in den äußersten Süden. Vorher baute er für die Einsiedler eine Kirche und überließ seinem Schüler Paphnutius die Betreuung der Einsiedler.
In diesem neuen Land am Rande einer felsigen Anhebung, grub er für sich eine Höhle mit einem langen unterirdischen Gang, der zu einer weiteren geheimen Höhle führt, in der er Zuflucht suchte, um den Besuchern zu entgehen, weil er die Einsamkeit und Stille sehr liebte. (Die Höhle wurde aufgefunden)
Allmählich nahm die Anzahl seiner Schüler zu. Sie bauten separate nebeneinander verstreute Zellen in Gruppen ‚Manshoubeya‘. Dieses Wort ist ein koptisches Wort und bedeutet eigenständige Zelle eines einzelnen Mönches oder Eremiten in einer Ansammlung von mehreren Zellen in einer Wohngruppe gemeinsam mit anderen Mönchen. Ihre Anzahl stieg an, bis die Einsiedler mehrere Tausende wurden.
Nur an den wöchentlichen Gottesdiensten an den Samstagen und Sonntagen kamen sie zusammen, um die Lehre zu erhalten und das Abendmahl zu empfangen.
