Diese Kirche wurde von römischen Soldaten über der Abu Serga-Höhle gebaut und nach den Heiligen Sergius und Bacchus benannt, die während der Herrschaft von Maximian (280-305 n. Chr.) als Märtyrer starben.
Die Abu Serga Kirche war vom vierten bis zum dreizehnten Jahrhundert Bischofssitz. Zuerst war es der Bischofssitz des babylonischen Stuhls, dann des Fustat-Stuhls und danach des Misr-Stuhls.
Eine andere Überlieferung berichtet uns, dass die Kirche von Athanasius Ende des siebten Jahrhunderts gegründet wurde, der aus Syrien kommend von der Geschichte der heiligen Sergius und Bacchus bewegt war, diese Kirche zu bauen.
Die Kirche steht neben dem Wachspalast bzw. dem römischen Kastell und dem Museum für koptische Kunst. Sie hat eine Länge von 27m, eine Breite von 17 m und eine Höhe von 15m. Der Boden der Kirche liegt etwa 3,90m tiefer als die Straßenoberfläche. Der Eingang der Kirche im Basilikastil führt zum Kirchenschiff und von dort zu drei Altären. Die Säulen im Kirchenschiff sind mit korinthischen Kapitellen aus dem vierten und fünften Jahrhundert beschmückt. Im südlichen Altar wurde ein Wandgemälde aus dem 13. Jahrhundert n. Chr. entdeckt. Ferner schmücken die Kirche viele alte Ikonen und Gemälde.
Als der letzte Kalif von Bani Umayyah, Marwan II. (744-750 n. Chr.) gegen Ende der Umayyaden Zeit die Al-Fustat Stadt in Brand setzte, entfachte das Feuer auch in der Kirche. Im Jahr 1102 n. Chr. sorgte der Minister und Vertraute des fatimidischen Kalifen Al-Muntasir Johannes Ibn Joseph für den Wiederaufbau der Kirche. Die Kirche war in ihrer langen Geschichte Zeuge etlicher Geschehnisse. Um davon bruchstückhaft einige zu erwähnen:
Im Jahr 768 n. Chr. befreite der Kalif Marwan Ibn Mohammed den 46. Patriarchen, Papst Anba Michael I. von der Festnahme, daraufhin begab sich der Papst zur Abu Serga Kirche und betete das Dankgebet.
Mit der Wahl des 55. Patriarchen des Hl. Markus Stuhls, Anba Schenouda zum Papsttum wurde im Jahr 859 n. Chr. die erste Papstweihe in der Abu Serga Kirche gefeiert.
In der Abu Serga Kirche wurde der 62. Patriarch, Anba Abram Al-Syriani im Jahr 975 n. Chr. gewählt. Während sein Papsttum geschah das Wunder der Verlegung des Mokattam-Bergs. In diesen Jahrhunderten war die Abu Sarga-Kirche von hoher Bedeutung. Bis zur Wahl des Patriarchen, Anba Makarios im Jahr 1102 n. Chr. wurden die meisten Patriarchen vor ihrem Altar gewählt.
Heute enthält die Kirche die Reliquien der heiligen Sergius und Bacchus und des Mönchs Bashnnouna, des Märtyrers, dessen sterbliche Überreste 1991 n. Chr. unter der Kanzel während der Renovierung der Kirche entdeckt wurden.
Das koptische Museum bewahrt einige wichtige Denkmäler aus der Abu Serga-Kirche, darunter den ältesten Holzaltar der Kirchengeschichte aus Walnussholz sowie korinthische Kapitelle aus dem 6. Jahrhundert n. Chr.
