La Iglesia de la Virgen María fue construida en 1185 con cúpulas, muros exteriores de gruesa densidad de estilo bizantino. El edificio de la iglesia consta de una nave, tres santuarios, una cueva y un pozo. La antigua planta baja de la iglesia fue renovada en el siglo XII, mientras que la parte superior fue construida durante la época del papa Cirilo V a finales del siglo XIX.
La renovación de la iglesia se realizó desde el exterior entre 1984 y 1987. En el año 2000 la iglesia fue completamente renovada en el período del pontificado de Su Santidad el papa Shenouda III con motivo de la celebración del 2000 aniversario del nacimiento de Jesucristo y del viaje de la Sagrada Familia a Egipto.
En la iglesia hay tres santuarios: El santuario ubicado en el centro está dedicado a la Virgen, tiene un iconostasio que data del año 1500 de los mártires o 1784 del calendario gregoriano, tal como está escrito. En la parte superior del iconostasio hay unos cuadros de cuatro ángeles y en medio de ellos se encuentra la imagen de la Virgen cargando al Niño Jesús, además, cuatro cuadros de los cuatro evangelistas.
El santuario sur está dedicado al gran mártir Jorge y el del norte a San Juan Bautista y frente a cada uno de ellos hay un porta íconos. En la parte superior del gran mártir Jorge hay un grupo de imágenes que representan el camino de la Pasión, la Resurrección y el Jueves Santo a la Ascensión. En la parte superior del gran mártir San Jorge hay un grupo de cuadros de los doce discípulos, en medio de ellos hay un cuadro del Señor Jesucristo y a la derecha está la Virgen María y San Juan Amado a la izquierda.
La iglesia tiene numerosos y singulares íconos: un ícono de la Sagrada Familia entrando a Egipto que data del siglo XVI y otro ícono en el que la mitad superior está representada la lapidación de San Esteban y en la mitad inferior, el martirio del profeta Isaías mutilando su cuerpo con una sierra. Además, se encuentran los íconos de Santa Demiana y los cuarenta mártires, un ícono de la Virgen, el Príncipe Tadros y Marmina, un ícono de San Abskhiroon Al-Qalini y otro de San Anba Behnam y su hermana Sarah. Además, una serie de íconos antiguos pintados a ambos lados que datan de unos 150 a 350 años como los íconos de Anba Beshay, Anba Bishoy, Anba Shenouda y Abu Makar.
El edificio de la iglesia está rodeado por dos grandes patios con numerosos edificios de servicios. Recientemente, se inauguró el edificio más grande en donde se encuentran una guardería, una oficina de desarrollo social, salas para clases de escuela dominical y muchas otras actividades.
El Pozo Sagrado
El pozo sagrado que brotara con la bendición del Niño Jesús se encuentra a la izquierda de la entrada norte de la iglesia y contiguo a la cueva en donde descansara la Sagrada Familia.
La tradición cuenta que en este pozo aún se encuentra el agua que el Señor Jesucristo emanó y en donde se bañó siendo pequeño, la Virgen lavó sus atavíos con su agua bendita. El agua de este pozo nunca se acaba, a veces, el flujo del agua sube al máximo, luego el nivel agua vuelve a la normalidad; esta agua tiene un sabor distinto que difiere del agua del Canal de Ismailia, que está a no más de sesenta metros de la iglesia. El agua del pozo sagrado es considerada motivo de bendición debido a que ha sanado a muchos enfermos y a todos los que la beben con profunda fe.
La Cueva
La cueva está situada a la izquierda de la entrada norte de la iglesia junto al pozo y fue el refugio de descanso para la Sagrada Familia durante su viaje a Egipto.
Los monumentos en esta zona indican que la cueva estaba ubicada en un templo o en las ruinas de un templo construido durante la época de Ramsés II.
