La Iglesia de la Virgen María fue construida en el mismo lugar en el que vivió la Sagrada Familia. Junto a la iglesia había un baño construido según el sistema romano. Más tarde, se estableció un monasterio llamado Monasterio del Bautismo que permaneció con monjes hasta finales del siglo XII.
La iglesia fue restaurada en el siglo XI por orden del califa fatimí Al-Hakim be Amr Allah y en el siglo XVI la iglesia fue destruida permaneciendo en ruinas hasta que Muhammad Ali Pasha ordenara su reconstrucción en 1846 conservando su carácter antiguo y preservando las piezas arqueológicas restantes.
En 1968 la nave de la iglesia fue reconstruida y durante el proceso de construcción se encontraron las reliquias de algunos santos: el patriarca Anba Sawirus de Antioquía y Anba Zacharias obispo de Sakha en el siglo VII junto con sus restos.
Un desafortunado incendio atribuló a la iglesia el dieciocho de junio de 2008, por lo que resultó que se quemaran completamente varias antigüedades en la iglesia, incluyendo el antiguo iconostasio del santuario y un singular ícono de la Virgen María.
La nueva iglesia fue inaugurada en mayo de 2014. La reconstrucción fue realizada de acuerdo con la herencia arquitectónica copta en formas geométricas y artísticas muy precisas y hermosas utilizando ladrillos especiales para tal efecto.
El iconostasio o “portador de íconos” se encuentra frente a la parte antigua de la iglesia que consta de tres santuarios. El santuario del centro está dedicado a la Virgen María cuya construcción data del siglo IV y se mantiene hasta la actualidad. Este fue erigido dos veces, la primera vez en el siglo XI y luego en el siglo XIX.
