A lo largo de los siglos y de acuerdo a los escritos de los historiadores la iglesia de Deir Al-Garnous ha sido llamada con tres diferentes nombres:
El primer nombre con el que fue conocida esta iglesia fue “Bay Issos” después de que Jesucristo, Gloria a Él visitara este lugar. De tal modo, hizo mención en el siglo VII Anba Quriakos obispo de Bahnasa en sus memorias recopiladas sobre la Sagrada Familia que permaneció allí durante cuatro días.
El segundo nombre dado a la iglesia es “Iglesia de Arginos” mencionada por los historiadores antiguos en sus escritos, es una palabra francesa que quiere decir “inteligencia e investigación”, que hace referencia al pozo ubicado allí y que servía para verificar la altura de la crecida del agua del río Nilo.
El tercer nombre de la Iglesia es “La Virgen María, Monasterio de Garnous” y es el actual nombre dado a esta iglesia que fue construida sobre las ruinas de la antigua iglesia y dedicada a la Virgen y se remonta a la era árabe hace alrededor de 300 años.
El historiador Mohamed Ramzi lo señaló en el Diccionario Geográfico de las Regiones del Antiguo Egipto como Nahiyat Al-Garnous.
