En el siglo III se construyó una iglesia llamada Bay Issos. Cierto día en el que Reverendo Tomás hacía sus plegarias en la iglesia mientras santificaba la Eucaristía, el ángel del Señor se le apareció y le dijo “Después de que te acerques a la Eucaristía recoge las vasijas sagradas y escóndelas debajo del altar porque los infieles atacarán este lugar y destruirán la iglesia”. Entonces, el reverendo Tomás hizo lo que el ángel del Señor le ordenó y huyó a través de la cripta subterránea que aún existe hasta el presente. La persecución tuvo lugar en la época de Diocleciano, por lo que la iglesia fue demolida convirtiéndose en un alto montículo de tierra que permaneció en este estado hasta el siglo VII.
En una visión del pastor Antonio que estaba sirviendo en la iglesia de Aba en Bahnasa, Dios le anunció que este lugar es habitado por los ángeles del Señor y que existe una iglesia antigua escondida debajo de las colinas y que el sonido de alabanzas se escuchan en este lugar. De modo que, el pastor Antonio fue a la ciudad de Bahnasa y le contó la visión a Anba Qaryaqos obispo de Bahnasa en aquel momento. Entonces, la Virgen María con su amado hijo Jesús rodeados de una gran y resplandeciente luz, que brillaba más que la luz del sol, se aparecieron al obispo Qaryaqos diciendo: “Este lugar tiene el altar de la gloria y será eterno”. Luego, la madre María le preguntó a Jesús -“¿Hasta cuándo hijo amado permanecerá este lugar en ruinas?” a lo que Él respondió -“Incluso si se arruina, su memoria será inmortalizada para siempre y una gran comunidad vivirá aquí y su nombre será memorable”. Después de que Jesús enunciara sus palabras Él y su Madre desaparecieron de la visión. Más tarde, luego que Anba Qaryaqos pidiera al Reverendo Antonio y a algunos sacerdotes y rectores para que fueran a este lugar a buscar las reliquias encontraron el arca, las vasijas sagradas y todo lo que fue escrito por el servidor Reverendo Tomás.
En el siglo VII la iglesia fue renovada por Su Gracia el obispo Qaryaqos obispo de Al-Bahnasa y luego fue cedida al sacerdote Antonio, quien permaneció en su servicio con pulcra integridad.
