Desde que el cristianismo comenzara a extenderse en Etiopía de manera considerable, los etíopes amaron y adoraron los lugares en donde vivió Jesucristo en Palestina y también Qusqan en Egipto, al que consideraron como una Segunda Jerusalén. Así, muchos etíopes abandonaron su país atraídos por estos lugares para establecerse y llevar una vida de reclusión, ascetismo y monacato.
Y existe una clara referencia en relación con la presencia de monjes etíopes en el área de Qusqam a fines del siglo IV y principios del siglo V que fuese reportada en “El Paraíso de los Santos Padres” volumen I, capítulo IX y en “El triunfo de los bienaventurados Apolo y Amón”, página 347. Autor: Ernest A. Wallis Budge, Publicado por Chatto y Windas, Londres 1907.
El monasterio, en general, y su antigua iglesia, en particular, fueron de gran importancia para los etíopes, quienes respetaron, sublimaron, santificaron y veneraron el monasterio. Incluso la arena del lugar era considerada una bendición simplemente debido a que el Niño Jesús posara allí sus pies.
No existen palabras que puedan describir hasta qué punto los etíopes veneraban el monasterio. Los manuscritos conservados en sus monasterios atestiguan los numerosos milagros de la Santísima Virgen María en el monasterio de Qusqam.
El académico e historiador italiano Carlo Counti Rossini, uno de los especialistas en la investigación de manuscritos etíopes a principios del siglo XX afirma que la comunidad monástica etíope en el monasterio de Qusqam en los siglos XIV y XV era activa y de vital importancia. La comunidad monástica etíope contaba con alrededor de treinta personas que incluían a monjes, higúmenos y diáconos. En aquella época la comunidad monástica etíope tenía gran renombre, motivo por el que el rey etíope Sayfa Arad en el año 1350 honrara a esta congregación obsequiándoles algunas copias de los evangelios.
La historia señala que algunos monjes etíopes de este monasterio fueron martirizados. Uno de ellos, llamado Arsanious o Archeledes (en algunos otros manuscritos) fue martirizado durante el pontificado del papa Metthaous el Grande (1378-1408).
Se dice que la reina Mentowab, que quiere decir hermosa o maravillosa fue emperatriz de Etiopía y quien entregara su reinado a su hijo Iyasu II, que significa Jesús (1730 – 1755) visitó el Monasterio de Qusqam en el siglo XVIII. La reina a su regreso llevó consigo arena del monasterio que la mezclara con materiales de construcción de una gran iglesia, la Iglesia del Monasterio de Qusqam, de la ciudad de Qusqam que fue una de las principales ciudades etíopes en el distrito de Gondar. Su hijo Iyasu II construyó la iglesia en 1738, por lo que, la Iglesia etíope estableció un ayuno conocido como Ayuno Qusqam de cuarenta días desde el 26 de Tot hasta el 5 de Hator en donde el 6 de Hator se estableciera como el aniversario de la consagración de la Iglesia de la Santísima Virgen María en el Monasterio Qusqam en Egipto.
Cuando aumentó la cantidad de monjes etíopes en el Monasterio de Qusqam en Egipto construyeron su propia iglesia para llevar a cabo sus oraciones rituales en su propio idioma. La iglesia etíope más antigua conocida, en aquel momento, fue la Iglesia de Juan Bautista que colinda con la Iglesia de la Virgen María. Al retirar la iglesia de San Juan Bautista para ampliar la iglesia antigua y construir su nave exterior se construyó una nueva iglesia encima para los monjes etíopes en el siglo XIX cuando el número de monjes llegó a cuarenta. Sin embargo, en los años treinta del siglo XX esta iglesia fue eliminada por el temor de los monjes de que pudiera afectar negativamente la construcción de la antigua iglesia.
Desde la guerra etíope-italiana (1936-1948) el número de monjes etíopes ha ido en constante disminución y debido a la agitación y disputas en el sur de Sudán, debido a que solían venir caminando al Monasterio de Qusqam.
Los clérigos etíopes aún recuerdan que la mayoría de los obispos delegados por su madre Iglesia Copta en Etiopía fueron elegidos entre los monjes del Monasterio de Qusqam. De este modo, los etíopes nunca olvidarían este Monasterio porque le tenían gran aprecio y consideración y aún lo consideran de gran estima y será de este modo para siempre.