La ubicación de la Iglesia de la Virgen María en el desierto tuvo una relevancia particular para atraer a feligreses a vivir en la zona y para lugar de culto cerca de las instalaciones debido a su sencillez y privilegio divino único. Aquel lugar fue un refugio confortable y seguro para la Sagrada Familia que vivió con humildad y pobreza, por lo que las inmediaciones fueron bendecidas por su presencia.
Todos los que vinieron a rendir culto y a vivir en fraternidad alrededor de la iglesia vivieron en pobreza y humildad, del mismo modo como lo hiciera la Sagrada Familia a quienes les fue dicho que “Por la bendición que el Señor de la Gloria ha otorgado a este lugar, la corona de la vida eterna en el reino de los cielos les será concedida”.
Se ha dicho que algunos de los primeros ermitaños tenían buena relación con el gran San Anba Antonio. Después del fallecimiento de Anba Pacomio, el padre de las comunidades monásticas, los monasterios pacomianos fueron difundidos por sus discípulos en todo Egipto, tal como lo hicieran Tadros y Orsios. Muchas otras comunidades monásticas también siguieron las normas de Anba Pacomio sin llegar a unirse a los monasterios de la congregación Pacomiana.
Los estudios revelaron que algunos de los estudiantes de Anba Pacomio o al menos un grupo de monjes de la comunidad pacomiana llegaron a Qusqam en la segunda mitad del siglo IV y compartieron con quienes vivían alrededor de la iglesia mientras se establecía el monasterio. *Padre de la congregación (346).
Los eruditos en la vida de la comunidad pacomiana han convenido unánimemente que Anba Pacomio estableció solamente nueve monasterios para monjes y dos monasterios para monjas establecidos entre Akhmim en el norte y Esna en el sur. La vida de la comunidad fue similar a lo que existió en la iglesia primitiva, en donde todo era común entre ellos. Todos los que habían creído estaban juntos, y tenían en común todas las cosas (Hechos 2:44). Los cimientos de su vida material se centraron en la pobreza, la privación, la falta de posesiones y en eludir el aprecio por las posesiones materiales, y en lo que se refiere al centro de la vida espiritual del monje estaba basada solamente en la Biblia, la Eucaristía y la oración permanente.
Al parecer el método de las normas pacomianas aplicado en el monasterio de Qusqam tuvo un carácter único, por lo que el monasterio era famoso por la apertura a los visitantes y a quienes solicitaban asilo pidiendo que fuesen curados por el agua del pozo que Jesús bendijera y para hacer plegarias y pedir intercesión de la Madre de Dios, la Virgen Santa María.
A finales del siglo V alrededor del año 481 el rey Zenón residió en Qusqam a pedido de su hija Illaria, quien había sido monja en el Valle Al-Natrón cuyo nombre de monja fue Illary. El rey Zenón ordenó la construcción de fuertes en todos los monasterios egipcios en los que se incluyó el monasterio de Muharraq.
