Desde mediados del siglo III hasta mediados del siglo XVI la ciudad de Ashmunayn continuó siendo el asiento de una sede episcopal por un período de alrededor de 1300 años, por lo que la sede de esta ciudad es considerada una de las cátedras episcopales más antiguas del Alto Egipto.
Aún se encuentran en la zona los restos de una gran iglesia de estilo basílica conocida como Kom El-Kenissa. Esta iglesia se mantuvo en funciones alrededor de seis siglos desde su establecimiento en el siglo V hasta su destrucción a principios del siglo XI.
Algunas misiones arqueológicas informaron que la iglesia tenía cuarenta y ocho columnas de granito rosa de alrededor de seis metros de altura y las bases y coronas de las columnas eran de piedra caliza.
El sacerdote y erudito Abu Al-Makarim hizo mención de que la iglesia de la Virgen María en Ashmounayn contaba con varios altares, columnas de mármol y tenía solamente un altar que era utilizado con regularidad para realizar la Divina Liturgia, ya que en la parte superior se encuentra la impresión de la mano de Jesucristo.
En la ciudad de Ashmounayn se llevaron a cabo dos excavaciones arqueológicas. La primera, realizada por una misión de la Universidad de Oxford y, la segunda en 1989 por el arqueólogo alemán Peter Grossmann. Los hallazgos encontrados y registrados en el lugar fueron varios edificios y restos humanos de todas las edades. De hecho, la región de Ashmounayn consta con una sagrada historia debido a que la tierra del lugar fuera regada con la sangre de los mártires durante la época de persecución y martirio.
