Esta iglesia es la más antigua del monasterio y es excepcional debido a su sencilla estructura teniendo en cuenta el mantenimiento, las reparaciones y las modificaciones que se han llevado a cabo a lo largo de la historia de la iglesia. No se puede clasificar el estilo geométrico del arte arquitectónico de ninguna iglesia copta. Es decir, se distingue por su estructura arquitectónica simple y poco sofisticada, no es artificial. Está construida con ladrillo secado al sol, sus paredes son asimétricas y asistemáticas y no hay patrones coptos antiguos de ornamentos, grabados, moteados, variegaciones o imágenes en sus paredes.
El santuario
El Busto de Dios Padre es un espacio semicircular curvo ubicado en el muro este del santuario, es un símbolo del designio de Dios por su iglesia, que está esperando Su venida.
Además, se construyeron otras dos salas a ambos lados del santuario, las cuales son mucho más simples que cualquier arte arquitectónico, sin embargo, se caracterizan por el antiguo ritual original de la iglesia. La habitación izquierda (al norte) se utiliza como sacristía, hay un vestidor para los clérigos y la nave de la iglesia no contaba con una puerta. La habitación derecha (al sur) se utiliza para el servicio de los diáconos en donde se guardan los “utensilios de la Sagrada Comunión”. En esta habitación también había un agujero en el piso en la parte inferior de la pared al este que se utilizaba para vaciar el incensario al final del servicio litúrgico.
Cabe mencionar que durante la restauración y renovación de la iglesia en el año 2000 se descubrió que el muro del costado este no es uno sino dos muros con un espacio entre ellos y es lo suficientemente amplio para que una persona pueda estar de pie allí. Este espacio tenía una abertura hacia la sala del costado sur del santuario. De acuerdo al ritual de la iglesia se deben erigir cuatro pilares alrededor del altar, ya que simbolizan a los cuatro evangelistas. Sin embargo, debido al estrecho espacio de este santuario, solamente, se erigieron tres pilares que fueron fijados en el costado derecho e izquierdo de las paredes. El cuarto pilar se añadió más tarde durante la misma restauración mencionada anteriormente. Más tarde, en el siglo XVI se construyeron tres cúpulas sobre el presbiterio y las dos salas a cada lado.
El Altar
El altar es el espacio más importante del santuario, tiene forma cúbica y no equilátera. En la superficie hay una cubierta de mármol con borde semicircular en donde una inscripción griega grabada dice “Oh Señor, reposa al bendito Kulthos” fechado el 15 de Kyahk del año 463, que corresponde al 11 de diciembre del año 746 (de acuerdo al calendario contemporáneo de ese período).
La forma semicircular del mármol es considerada muy especial, ya que tiene una forma particular que hace distinción en los antiguos altares coptos en Egipto. La idea de la forma semicircular es una antigua convención copta que apareciera por primera vez en los íconos de la Última Cena en donde se observa que la mesa es semicircular.
De acuerdo a la tradición de la Iglesia copta el altar de la Iglesia de la Santísima Virgen María se encuentra ubicado “en el centro de la tierra de Egipto” para que se cumpliera lo que el Señor había dicho a través del profeta, cuando dijo “En aquel día habrá un altar para el SEÑOR en medio de la tierra de Egipto, y un monumento para el SEÑOR junto a su frontera. (Isaías 19:19).
Todas las entradas al santuario son de baja altura, lo que lleva a que los feligreses que entran allí lo hagan con la cabeza inclinada en un gesto humildad y respeto hacia la casa del Señor.
Lámparas de Aceite y Huevos de Avestruz
Mientras que la iglesia es considerada un símbolo del cielo, las lámparas de aceite y las velas representan simbólicamente a las estrellas, ya que si el cielo material está decorado con la luz de las estrellas también debería estarlo el Cielo espiritual.
Las lámparas de aceite se colocan frente a los íconos durante el servicio litúrgico y se encienden con aceite de oliva puro representando el esplendor de Jesucristo que resplandece por mediación de sus santos. En la actualidad, la única lámpara de aceite que permanece en la iglesia se encuentra en el muro del costado este dentro del santuario, que invariablemente permanece encendido para que ninguna otra lámpara se utilice en la iglesia como símbolo de lo dicho por el Señor a Moisés, que las lámparas de aceite estén encendidas constantemente: Y mandarás a los hijos de Israel que te traigan aceite puro de olivas machacadas, para el alumbrado, para hacer arder continuamente las lámparas (Éxodo 27: 20 – 21). Además, la lámpara ubicada al costado este representa a la estrella que apareciera ante los sabios de oriente en el Levante. Por otro lado, los huevos de avestruz en la iglesia simbolizan la providencia divina y la resurrección del Señor.