La cisterna es un dispositivo herméticamente cerrado para almacenar agua con aberturas para sacar el agua. El modelo de cisterna descubierta en los hallazgos arqueológicos de la Iglesia de la Virgen María en Haret Zuwaila es una gran cisterna romana y no es como las antiguamente descubiertas debajo las viviendas que eran pequeñas. La cisterna romana en particular tiene tres aberturas, una para la salida de agua, otra para la toma de agua y otra es la escalera para la limpieza.
En los estudios realizados por el Instituto de Estudios Coptos del Departamento de Arquitectura la cisterna se señala que la cisterna fue descubierta después de un cuidadoso levantamiento topográfico, por el que se pudo llegar a una cavidad en el lado noroeste de la iglesia. Para tal efecto, se elaboraron los planes de acción necesarios y se prepararon las secciones de la excavación para luego extraer la cisterna.
Para acceder a la cisterna se pasó por una habitación que era utilizada como cafetería en el patio de la iglesia, las paredes estaban recubiertas con madera y láminas de aluminio y, después de quitar estos materiales, se encontró que la cavidad que conducía a la cisterna estaba llena de agua.
Mediante un proyecto del estado para reducir el nivel de las aguas subterráneas en la zona y el proyecto de reparación de las aguas residuales en la calle Al-Kharunfeesh se pudo reducir el nivel del agua, el que no volvió a subir, por lo que desde aquí fue posible ingresar a la cisterna.
La cisterna descubierta comprende un área de unos ochenta metros cuadrados y el nivel del suelo es ocho metros más bajo que la superficie de la calle. Está construida con muros de carga y rematada con una bóveda y una cúpula de ladrillo municipal y los muros están revestidos con pintura impermeabilizante.
