En el momento en que fue anunciado el papa número 117º de Alejandría y el Patriarca de la sede de San Marcos, Su Santidad el papa Shenouda III se encontraba realizando sus plegarias junto al cuerpo de San Bishoy para que el Señor le pudiera revelar y cumplir con su voluntad en su vida. Esto fue dicho por Su Gracia el obispo y abad Sarapamon. Hubo un fuerte vínculo entre Su Santidad el papa Shenouda III y San Bishoy.
El 17 de marzo de 2012 falleció Su Santidad el papa Shenouda III y fue sepultado en el monasterio de San Bishoy de acuerdo a su voluntad, en un mausoleo especial ubicado al norte y al de frente a la iglesia de San Bishoy.
El mausoleo fue construido en el año 2000 como museo para la indumentaria papal de Su Santidad el papa Macario III.
Su Santidad el Papa Shenouda III fue sepultado en este lugar y se convirtió en una mausoleo especial para su santidad. La indumentaria papal de Su Santidad el papa Macario III fue trasladada al antiguo refectorio.
El mausoleo incluye muchas de las pertenencias de santidad, tal como su indumentaria papal, sus fotografías y también sus libros. El cuerpo de Su Santidad yace en una tumba en donde los feligreses vienen de todas partes para recibir su bendición.
