El príncipe Omar Toussoun fue el primero en registrar las medidas del monasterio en su libro en 1935. Midió la superficie y la altura del muro exterior, la fortaleza y el molino. El monasterio tiene dos hectáreas y dieciséis centiáreas. San Bishoy estableció el monasterio que lleva su nombre en el siglo IV después del año 374.
En el año 340 San Bishoy fue ordenado monje y vivió en el desierto del Valle Al- Natrón en una zona llamada colina Abu Henes, a tres kilómetros al sureste del monasterio actual. San Anba Bishoy y San Juan el Pequeño fueron discípulos de San Bemwah.
En el año 374 San Bemwah murió. Un ángel se apareció a San Juan el Pequeño y a San Bishoy, el ángel le dijo a San Juan que viviera junto al árbol de la obediencia, y le dijo a San Bishoy que viviera en el lado oeste de la colina Abu Henes en una celda que existe hasta hoy en día en el Monasterio Sirio de la Virgen María.
Al poco tiempo San Anba Bishoy se hizo muy conocido, tuvo numerosos discípulos quienes construyeron la antigua iglesia de San Bishoy, cavaron un pozo conocido como “el pozo de los Mártires” y, además, construyeron un molino para moler granos. Este fue el comienzo del monasterio de San Bishoy, en donde vivieron pacíficamente hasta el ataque de los bereberes en el año 407.
San Bishoy dejó el monasterio con sus discípulos trasladándose a Ansana (Gobernación de Menya en donde estableció otro monasterio con su nombre en Dayr Bersha. Murió en el año 417 y fue sepultado con honores.
En el año 840 Ahmed Ibn Tulun venció a los bereberes, luego los monjes comenzaron a construir un muro para el monasterio que tardó tres años en ser terminado.
En el año 843 los monjes del monasterio de San Bishoy le pidieron al Papa Yosab (quincuagésimo primer Patriarca) que trajera desde Ansana el cuerpo de San Bishoy a su monasterio.
En el siglo XIII las termitas atacaron el monasterio destruyendo el techo de madera de la antigua iglesia.
En el siglo XIV, el Papa Benjamín II construyó un nuevo techo utilizando piedras.
Por lo que, la antigua iglesia data del siglo IV, mientras que el techo data del siglo XIV. El tiempo transcurrió de manera apacible, el progreso monástico y arquitectónico del monasterio fue muy lento hasta noviembre de 1971 cuando Su Santidad el papa Shenouda III asumió el pontificado como el 117º Patriarca de Alejandría. El papa Shenouda III impulsó un gran renacimiento monástico y arquitectónico en el monasterio de San Bishoy. Su Santidad construyó numerosas iglesias, edificios de servicios y la residencia papal dentro del monasterio. Cuando Su Santidad fundó el Centro Papal Logos, realizó, además, numerosas conferencias culturales y alentó a los monjes a estudiar, investigar y aprender diferentes idiomas.
