La iglesia data del siglo IV y cuenta con tres santuarios. El santuario principal está dedicado a San Bishoy y está conectado con el coro a través de un portal alto con paneles de madera ornamentados que datan del período fatimí. El Santuario norte está dedicado a la Santísima Virgen María. El santuario sur está dedicado a Juan Bautista y tiene una pintura antigua en el muro este.
El relicario para el cuerpo de San Bishoy y las reliquias de San Pablo de Tammah están situados en la esquina noreste del coro, mientras que los restos del cuerpo del Papa Benjamín II se encuentran en la esquina suroeste de la nave.
La nave tiene un magnífico púlpito de madera que data del siglo VI utilizado por un padre espiritual para predicar a sus discípulos o por un sacerdote para enseñar al pueblo la fe cristiana. El púlpito está hecho de madera, tiene un área de dos por dos metros cuadrados, la balaustrada del púlpito se encuentra a un metro y medio del suelo de la iglesia, está fijada por una columna de madera y descansa sobre un muro que separa al primer y segundo coro.
