El monasterio de Saint Bishoy consta de once iglesias y la iglesia antigua más famosa es la Antigua Iglesia de San Bishoy data del siglo IV y abarca tres santuarios:
El santuario principal está dedicado a San Bishoy y está conectado con el coro a través de un portal alto con paneles de madera ornamentados que datan del período fatimí. El santuario norte está dedicado a la Santísima Virgen María. Y el santuario sur está dedicado a Juan Bautista y tiene una pintura antigua en la pared este. El relicario para el cuerpo de San Bishoy y las reliquias de San Pablo de Temmah se encuentran situados en la esquina noreste del coro, mientras que los del cuerpo del papa Benjamín II están en la esquina suroeste de la nave.
La nave tiene un hermoso púlpito de madera que data del siglo VI, el cual era utilizado por un padre espiritual para predicar a sus discípulos o un sacerdote para enseñar al pueblo la fe cristiana.
El púlpito está hecho de madera, tiene una superficie cuadrada de dos por des metros y la balaustrada del púlpito se encuentra a un metro y medio del suelo de la iglesia, está fijada por una columna de madera y descansa sobre un muro que separa el primer y segundo Khurus.
La iglesia tiene un icono de la Santísima Virgen María que data del siglo XIV y un ícono de San Jorge que data del siglo XV.
La iglesia tiene una puerta de madera de siete metros de altura que separa los dos espacios de la nave y que data del siglo XI.
La Iglesia de San Iskhyrun
A la iglesia se accede desde el lado sur del coro de la iglesia de San Bishoy, tiene un santuario que data del siglo IV y es un pareclesion de la antigua iglesia de San Bishoy que fue separada en el siglo XIV. También tiene un santuario con un velo antiguo que data del siglo XI. Las reliquias del santo mártir San Iskhyrun se mantienen debajo del altar. El Papa Benjamín trajo sus reliquias del Monasterio de San Samuel en el siglo XIV porque era un monasterio aislado que fue atacado por ladrones y mercenarios.
La iglesia de la Santísima Virgen María y el Papa Benjamín I
La iglesia se encuentra ubicada en la esquina norte de la iglesia principal de San Bishoy y se accede desde el Khurus de esa iglesia. El Santuario data del siglo IV, la esquina este está cubierta con restos de frescos que datan del siglo XI, mientras que el velo data del año 1489 en el siglo XVIII.
La Iglesia de San Jorge
La entrada de la iglesia está cerca de la esquina sureste de la iglesia principal, tiene dos santuarios, uno dedicado a San Jorge y el otro está dedicado a la Virgen María. Algunas de las reliquias de San Jorge se encuentran en esta iglesia.
Iglesia de la Santísima Virgen María en la fortaleza
La iglesia data del siglo V, se encuentra en el segundo piso de la fortaleza y consta de tres santuarios. El santuario principal está dedicado a la Santísima Virgen María. El santuario norte está dedicado al obispo Rewais y al obispo Abraam, después de que el Santo Sínodo reconociera como santo al obispo Abraam de Fayoum y Guiza en el año1963.
Uno de los monjes escribió en el muro norte del santuario marcando la ocasión de la visita de San Ignacio patriarca de Antioquía un sábado del año 1089 año de los mártires que equivale a 1473 con letra negra.
El santuario sur está dedicado a los tres Makars y a San Samuel, el confesor.
La Iglesia del Arcángel Miguel
La iglesia se encuentra en el tercer piso de la fortaleza y data del siglo V. Del mismo modo, en todos los monasterios egipcios la iglesia ubicada en el tercer piso de la fortaleza está dedicada al arcángel Miguel, ya que es el ángel guardián; la antigua tradición dice: “El arcángel Miguel es el ángel guardián de los monjes”
La iglesia tiene un hermoso velo que data del siglo IX y fue restaurado en 1792 por Ibrahim El Gohary y luego por el papa Youanes XIX en1935.
