Su Santidad el papa Shenouda III escribió en la edición de la revista El Keraza del 17 de noviembre de 1978 sobre el Monasterio de San Bishoy: “El monasterio de San Bishoy estuvo a punto de perderse”. En 1961, el obispo y abad Basilius del monasterio de San Bishoy declaró que no podía administrar el monasterio.
Los monjes protestaron ante Su Santidad el papa Cyril VI debido a las necesidades que estaban pasando, por lo que el papa nombró al obispo y abad Theophilos del Monasterio de Al Siria para supervisar los gastos del monasterio y pagar todas las deudas, sin embargo, el desarrollo monástico y arquitectónico necesitaba la ayuda de Dios.
Cuando Su Santidad el papa Shenouda III fue entronizado como el 117º Patriarca, Su Santidad consagró al obispo y abad Sarapamon para el Monasterio de St. Bishoy. En aquel entonces, el monasterio tenía solo diez monjes, cuatro vivían dentro de sus muros, mientras que los otros seis servían fuera del monasterio.
El renacimiento arquitectónico y monástico comenzó en el pontificado de Su Santidad el papa Shenouda III. En la actualidad, la cantidad de monjes en el monasterio alcanza a doscientos. Veinticinco viven como ermitaños en la soledad de sus propias celdas dentro y fuera del monasterio, y solamente salen del lugar si es estrictamente necesario, tal como el padre Yostos Anba Bishoy y el padre Pephnotious Anba Bishoy.
