El árbol de San Efraín está ubicado en el lado este de la Iglesia de la Virgen María la Cueva. Esta es una historia única que lleva consigo un profundo significado espiritual. A fines del siglo IV Dios dispuso que San Mar Efraín el Sirio conocido como el arpa del alma viniera de Siria a visitar en su cueva al gran San Anba Bishoy el amado de nuestro buen Salvador para que le diese su bendición.
San Mar Efraín se sentía débil físicamente, se apoyaba en un bastón para caminar y por motivos de integridad y humildad no quiso entrar a visitar a Anba Bishoy sosteniendo su bastón, por lo que, lo dejó afuera plantándolo en la tierra y permaneció con Anba Bishoy durante tres días. Durante los días en que San Efraín permaneció con San Bishoy en la cueva, la vara con la que se ayudaba para caminar creció convirtiéndose en un fructífero árbol de tamarindo como si Dios quisiera glorificar la grandeza del encuentro de estos dos grandes santos y mostrar ante todos la bendición del amor y la renunciación en la sublime altura de este árbol que brotó de una vara hace más de mil seiscientos años.
