La Iglesia de la Virgen María de la Cueva se encuentra situada junto al muro norte en el centro del monasterio. Enfrente de la iglesia hay tres escalones que conducen al doxar, que abarca la puerta de la iglesia y un mosaico de la Virgen María llevando al Señor Jesucristo en sus brazos; el nivel de la iglesia está a seis grados más bajo que el nivel del doxar.
El santuario central de esta iglesia está dedicado a la Virgen María; el iconostasio es de madera con incrustaciones de marfil y tiene cruces que datan del siglo XV. En la parte superior del iconostasio hay un ícono de la Virgen María cargando al Señor Jesucristo y a su derecha e izquierda están los doce discípulos y más arriba se encuentran las Marías y la Cruz; a la derecha del santuario hay un gran ícono de la Virgen María sentada en un trono cargando a Jesucristo; a la izquierda del santuario hay un ícono de Jesucristo sentado en el trono levantando Su mano en señal de bendición sosteniendo la Biblia con la otra mano y su cabeza está rodeada por un halo resplandeciente en forma de cruz con tres ramas.
El santuario sur está dedicado a San Marcos Apóstol tiene un iconostasio contemporáneo con íconos de los sacerdotes de la orden monástica; a la izquierda están San Pacomio el Grande patriarca de la vida monástica comunitaria y San Antonio el Grande patriarca de los monjes.
En el centro se encuentra San Marcos Apóstol y Evangelista de las tierras egipcias con una barca y un faro a su alrededor que es el testimonio de su prédica en Alejandría y su nombre está escrito en lengua copta, a la derecha están San Macario el Grande, fundador de la orden monástica en el Valle Al-Natrón y San Shenouda el Archimandrita. Todos llevan atavíos de acuerdo al esquema monástico y sostienen un bastón, a excepción del Apóstol San Marcos que lleva una túnica azul y un pañuelo.
El santuario norte hay un iconostasio dedicado a San Jorge mártir rumano; de derecha a izquierda se encuentran los íconos de los siguientes mártires: Abanoub Al-Nahisi, Mina Al-Agibi y en centro Marguirguis Al-Romani, Abi Seifin, y por último, la casta mártir Demiana y las cuarenta vírgenes.
El primer coro
La Sección de los Santos: En el primer coro se encuentra una sección recientemente construida en el muro norte de la iglesia frente al santuario del mártir San Jorge en el que hay dos cilindros. El primer cilindro contiene los restos de San Juan Kama el sacerdote, cuyo monasterio fue destruido en el siglo XIII, por lo que los monjes de su monasterio trasladaron sus restos para situarlos en el monasterio de Al-Suryan. El segundo cilindro contiene los restos de doce santos de diferentes nacionalidades: San Efraín el Sirio tiene un árbol que aún se encuentra en el monasterio, San Severo patriarca de Antioquía, San Dióscoro vigésimo quinto patriarca de Alejandría, San Ciriaco y la mártir Yulita, su madre, el príncipe mártir Tadros Al-Mashriqi, los cuarenta mártires de Sebaste, San Santiago el Persa o el Mutilado, San Juan el Pequeño, San Moisés el Negro, San Arquíledes el monje y, por último, el cabello de Santa María Magdalena.
El primer coro contiene la siguiente serie de íconos:
El primer ícono está dedicado a la Virgen María cargando al Señor Jesucristo y tres ángeles le hacen sombra a cada lado. San Juan Bautista aparece sosteniendo el pie del Señor Jesucristo para recordarnos su aforismo: “Este es el que viene después de mí, el que es antes de mí, del cual yo no soy digno de desatar la correa del calzado” (Juan 1:27). Junto a él hay un cordero que nos recuerda al decir: “Al día siguiente, Juan vio a Jesús que se acercaba a él, y dijo: “¡Mirad, este es el Cordero de Dios que quita el pecado del mundo!” (Juan 1:29).
El segundo ícono está dedicado a San Mar Elías; en la parte superior se encuentra a Jesucristo y la Virgen María, y debajo una inscripción que señala que es un dibujo de Anastasi Al-Roumi que data del año 1582 de los mártires.
El tercer ícono está dedicado a la Crucifixión en el que aparece el Señor Jesucristo crucificado rodeado por dos ladrones a su derecha e izquierda, tres soldados con una lanza y debajo a la derecha la Virgen María y San Juan el Amado a la izquierda.
El cuarto ícono está dedicado a la Resurrección dibujado también por Anastasi Al-Roumi en el año 1582 de los mártires; una copia similar ha sido encontrada en el Museo Copto.
El segundo coro
El segundo coro comprende la antigua cámara que solía tener los restos de los santos que se trasladaron a la nueva cámara en el primer coro. La característica más importante de esta cámara son los íconos colgantes y las decoraciones que datan del siglo XII hechas de madera entrelazada que tienen su propia belleza. Los coptos han utilizado la madera como material principal para expresar su arte, ya que es un material en el que se puede tallar con facilidad y ha sido utilizada para decorar en las iglesias los iconostasios, los umbrales y las puertas. Ciertamente, los tallados de madera continúan utilizándose en el arte copto hasta el día de hoy. La puerta de este segundo coro que la separa del primero tiene unos hermosos tallados que datan de la época fatimí y se caracteriza por tener únicamente decoraciones sin grabados. Este ícono consta de tres hojas de unos seis metros de largo y los rellenos están bellamente logrados. La única entrada a la iglesia se encuentra en este coro desde el frente. Los íconos del segundo coro que cuelgan de las paredes son todos íconos contemporáneos. Al final del coro al oeste se encuentra el Cuenco de El-Lakan en el que se reza la Liturgia de la Epifanía, es decir, la Fiesta de la Teofanía.
El tercer coro
El tercer coro está en la pared occidental y allí se encuentran tres piezas de mármol en las que están grabadas tres letras y cada letra tiene su propio símbolo y significado. En el centro está la letra “Fay” una abreviatura de la palabra Ephnuti que significa Dios. La letra Alfa en el lado norte significa el principio y la letra Omega en el lado sur significa el fin, lo que significa que “Dios es el principio y el fin”. Además, en este coro hay una serie de íconos contemporáneos de un grupo de santos y de mártires. El diseño de esta iglesia se remonta al siglo IX. Es denominada La Cueva debido a que hay una cueva, es decir, un escondite subterráneo en el muro norte al que se puede ingresar a través de una abertura en el muro del altar norte. Los monjes la usaron para escapar durante los ataques de los bárbaros y aún existe en la actualidad.
